PSI-BLAST

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в банке данных SwissProt с помощью программы BLAST .

Параметры поиска:

учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - без учета (no adjustement);
фильтрование областей низкой сложности - имеется;
максимальное значение E-value - 10;
Максимальное количество находок (Number of Descriptions) - 1000.

Результаты итерационного поиска с помощью программы BLASTp:

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID)	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5*10^-82	LGB1_LUPLU	100	154
*В бактериях (Bacteria)*	36	10^-06	HMP_RHIME	29	117
*В Escherichia coli* K-12**	0	—	—	—	—
*В животных (Metazoa)*	26	2*10^-06	NGB_BRARE	25	141
В человеке	3	5,8	CRNL1_HUMAN	28	78

Комментарии:
Среди белков кишечной палочки не найдено ни одного гомолога белка LGB1_LUPLU. Cреди белков человека найдено всего 3 возможных гомолога. Однако длина выравниваний и значение E-value очень небольшие.

Итерационный поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в банке данных SwissProt с помощью программы PSI-BLAST.

Результаты итерационного поиска с помощью программы PSI-BLAST (параметры поиска те же, что и при поиске через BLASTp):

Номер итерации

Бактерии

Животные

Характеристика лучшей находки среди белков

Escherichia coli, K-12

Homo sapiens sapiens

Кол-во

Новые

Кол-во

Новые

Название

E-value

% идентичности

Длина выравнивания

Название

E-value

% идентичности

Длина выравнивания

21 (всего 36)

5 (всего 26)

—

CRNL1_HUMAN

5,8

38 (всего 50)

332 (всего 673)

HMP_ECOLI

10^-29

148

NGB_HUMAN

2* 10^-19

143

38 (всего 48)

—

879 (всего 890)

HMP_ECOLI

6* 10^-28

148

HBG2_HUMAN

8* 10^-45

150

38 (всего 52)

—

884 (всего 896)

HMP_ECOLI

2* 10^-22

143

HBE_HUMAN

5* 10^-54

154

38 (всего 51)

—

884 (всего 895)

—

HMP_ECOLI

2* 10^-22

143

HBE_HUMAN

5* 10^-54

154

Комментарии:
PSI-BLAST эффективен для поиска дальних гомологов
Первая итерация PSI-BLAST аналогична работе программы BLASTp, выполняемой с теми же параметрами.
После пятой итерации в бактериальных белках найдены белки, участвующие, как и исследуемый белок, в связывании кислорода гемом (флавогемопротеины, бактериальные гемоглобины и т.д.).
С течением итераций пояляется 1 (HMP_ECOLI) находка среди ECOLI. Ее E-Value постепенно увеличивается, а длина выравнивания уменьшается. Это объясняется тем, что профиль "расширяется" и включает в себя все больше семейств.
Среди Homo sapiens sapiens находки постепенно меняются, длина выравнивания увеличивается, а E-Value уменьшается.