Доменная структура белка AMPC_ECOLI по данным Pfam

Второй семестр На главную
ClustalW и SMART Поиск по паттерну Мотивы в белке ampC_ECOLI Доменная структура Работа с БД InterPro PSI-BLAST Tree
PDB 1my8

Краткое описание доменов моего белка:
Идентификатор Pfam
Название записи
Полное название домена
Положение в последовательности ampC_Ecoli
PF00144 Beta-lactamase Бета-лактамаза 28-377

Подробное описание домена PF00144

  1. Информация: эта группа разнообразных последовательностей, которая содержит Д-аланил-Д-аланин карбоксипептидазу Б, аминопептидазы (DmpB), алкалин Д-пептидазу,гомологи животной Д-Аланин-Д-Аланин карбоксипептидазы, бета-лактамазу классов А и С а так же гомологи эукариотической бета-лактамазы которые описываются как: трансистеразы, синтетазы нерибосомных пептидов и гипотетических протеинов.Многие являются серин-пептидазами, принадлежащие к семейству MEROPS S12. Бета-лактамаза классифицируется как S12 непептидные гомологи. Обнаружено, что они либо не имеют пептидной активности, либо у них отсутствуют аминокислотные остатки, которые необходимы для каталитической активности.
  2. По данным БД Pfam известно 2140 белка, содержащих домен beta-lactamase.

  3. Таксон
    Количество белков с доменом PF00144.
    Эукариоты (Eucariota) Растения (Viridiplantae) 4
    Грибы (Fungi) 70
    Животные(Metazoa) 32
    Бактерии (Bacteria)   1991
    Археи (Archea)   12

  4. Домен встречается часто в одиночном виде.
    Случаев перестановки не наблюдается
    Дупликация домена есть (Q5W572_LEGPA)
    Суммарное количество находок в таблице отличается от общего количества, т.к. Beta-lactamase так же присутствует в некоторых вирусах, плазмидах и другие эукариотах.
©Виктор Соколов