Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей

• AMPC_MORMO
• AMPC_YEREN
• AMPC_ENTCL
• AMPC_CITFR

1. Выравнивание в GeneDoc'е:

   *

   A

   M

   P

   C

   _

   M

   O

   R

   M

   O

   :

   A

   V

   V

   D

   S

   T

   I

   K

   P

   L

   M

   A

   Q

   Q

   D

   I

   :

   1

   6

   A

   M

   P

   C

   _

   Y

   E

   R

   E

   N

   :

   T

   I

   V

   N

   N

   T

   L

   T

   P

   L

   L

   E

   K

   Q

   G

   I

   :

   1

   6

   A

   M

   P

   C

   _

   E

   N

   T

   C

   L

   :

   E

   V

   V

   A

   N

   T

   I

   T

   P

   L

   M

   K

   A

   Q

   S

   V

   :

   1

   6

   A

   M

   P

   C

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   D

   I

   V

   H

   R

   T

   I

   T

   P

   L

   I

   E

   Q

   Q

   K

   I

   :

   1

   6

   A

   M

   P

   C

   _

   C

   I

   T

   F

   R

   :

   D

   I

   V

   N

   R

   T

   I

   T

   P

   L

   M

   Q

   E

   Q

   A

   I

   :

   1

   6

   V

   T

   P

   L

   Q

2. Таблица паттернов:

   Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
   Фрагмент последовательности	D-I-V-H-R-T-I-T-P-L-I-E-Q-Q-K-I	1	Нет, был найден только мой белок
   Сильный	[ATED]-[VI]-V-[DNAH]-[SNR]-T-[LI]-[KT]-P-L-[MLI]-[AEKQ]-[QKAE]-Q-[DGSKA]-[IV]	5	Да
   Слабый	V-X(2)-T-{AE}-{DE}-P-L-X(3)-Q	47	Да

   
   Фрагмент паттерна моего белка дал только мой белок.
   Сильный паттерн находит только 5 выбранных мной ортологов.
   Слабый паттерн находит 47 подходящих белков.

   ---

   ©Виктор Соколов