Сайт ~ Семестр I ~ Общее

Задания первого семестра

1. Отчёт по бактерии Bifidobacterium longum (задание от 24.09.2007 г.).
• Краткое резюме.
• Ссылки на источники.


2. Последовательность белка His8_Ecoli.
• Общие сведения.
• Последовательность в формате fasta.
• Таблица частот встречаемости АК-остатков.



3. Состав записи 1FG3 банка PDB.

• Общие сведения.
• Краткое описание.
• Изображение в нитчатой модели.
• Характеристика вторичной структуры.



4. Форма и размеры белка 1FG3 PDB.

• Описывается форма, аппроксимируется объём и занимаемое в клетке кишечной палочки место.



5. Торсионные углы белка 1FG3 PDB.

• Карта Рамачандрана торсионных углов φ и ψ для самого белка.
• Карта Рамачандрана для глицинов белка.
• Карта Рамачандрана для пролинов белка.



6. Альфа-спираль номер 15 белка 1FG3 PDB.

• Краткое описание одного из элементов вторичной структуры белка, его водородных связей и расположения относительно белка.



7. Контакты белка 1FG3 PDB с лигандом PLP.

• Иллюстрация контакта одного из АК-остатков белка (тирозина-110) с лигандом PLP этого же белка.
• Список всех АК-остатков единственной для этого белка цепи A, контактирующих с PLP (т.е. имеющих атомы, находящиеся на расстоянее не больше 5,5 ангстрем от лиганда).