Семестр I -- Отчёт №6

Альфа-спираль номер 15

1. Для репрезентации примера вторичной структуры выбрана пятнадцатая альфа-спираль белка. Начало и конец: остатки 258-284. Углы: φ_ср.=-62,17, φ_min=-31,5, φ_max=-74,4; ψ_ср.=-29,93, ψ_min=-55,4, ψ_max=169,9.

2. Внутри спирали водородные связи наблюдались исключительно между азотами вышележащего и кислородами нижележащего витка. Крупный ракурс водородной связи O--N:

3. Спираль находится сбоку глобулы, и близлежащие атомы (располагающиеся только с одной стороны от спирали) являются её единственным контактом с белком. Взаимное расположение спирали, близлежащих атомов и остального белка:

4. Для иллюстрации связей, образуемых спиралью с окружающим белком (помимо пептидных в начале и конце) взято четыре водородных взаимодействия.

**Контакты α-спирали 258-284 с остальной частью цепи A белка из записи PDB1FG3**
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта	Комментарий
SER258A:N	GLN255A:O	3,104	Водородная связь	--
ILE262A:N	SER258A:O	2,943		RasMol отнёс лишь радикал этого остатка к спирали
ALA282A:O	ILE286A:N	3,642		--
LEU283A:O	ILE286A:N	3,166		C этим атомом (АК-остатка, все остальные атомы которого отнесены программой к спирали) контактируют два кислорода соседних друг другу АК-остатков