Сайт ~ Семестр I ~ Отчёт №3

Состав записи 1FG3 банка PDB


1. Общие сведения

  1. Содержимое поля "header": "TRANSFERASE, 27-JUL-00, 1FG3". Это тип белка, структура которого была установлена, дата эксперимента и код записи в банке данных PDB.
  2. Содержимое поля "title": "CRYSTAL STRUCTURE OF L-HISTIDINOL PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH L-HISTIDINOL". Это значит "структура кристаллизованной L-гистидинол-фосфат-аминотрансферазы в комплексе с L-гистидинолом".
  3. В описании белка his8_ecoli, как и в поле "compound" данного файла, не замечено сведений о L/D разновидности гистидинола и о структуре, с которой трансфераза вроде бы находится в комплексе.
  4. При сравнении ("на глаз") содержимого поля "seqres" и последовательности белка his8_ecoli установлено, что последовательности, по-видимому, полностью совпадают (возможно, есть расхождения, вызванные неточностью эксперимента), за исключением того, что в белке из PDB три метионина заменены на селенометионины; указанные в поле "HET" PLP- и HSA-лиганды в коде "seqres" не присутствуют (не указаны).
  5. Как видно из содержимого полей "HET" и "HETNAM", в белке должны присутствовать пять лиганд: три селенометионина, один PLP-лиганд (пиридоксин(?)-5'-фосфат) и один HSA-лиганд (моно-[чего-то-там]-эстр(?) фосфорной кислоты).
Идентификатор цепи Количество остатков Название молекулы Комментарии
A 356 Histidinol phosphate aminotransferase  

ID Название Формула Количество копий Комментарии
MSE Selenomethionine C5 H11 N1 O2 Se1 3  
PLP Pyridoxal-5'-phosphate C8 H10 N1 O6 P1 1 Не обнаружен в коде белка в поле SEQRES
HSA Phosphoric acid mono-[2-amino-3-(3h-imidazol-4-yl)-propyl]-ester C6 H12 N3 O4 P1 1 Не обнаружен в коде белка в поле SEQRES

2. Краткое описание


3. Изображение в нитчатой модели

Белок 1FG3

4. Характеристика вторичной структуры

Данный белок принадлежит к смешанному типу, включая в себя разные элементы вторичной структуры в сравнимом соотношении: 17 α-спиралей (на глаз -- 13) и 12 β-тяжей (на глаз -- 11; к 12-й отнесён всего один (!) атом).