Матрицы замен

Второй семестр На главную
Белок в банках данных Работа с SRS Выравнивание вручную Матрицы замен

1.Изучение матрицы BLOSUM62.

Для вычисления среднего веса замен были взяты группы аминокислот:
  1. Alanine (Аланин), Glycine (Глицин), Serine (Серин), Threonine (Треонин).
  2. Asparagine (Аспарагин), Aspartic acid (Аспарагиновая кислота), Glutamic acid (Глутаминавая кислота), Glutamine (Глутамин)
Средний вес замен между аминокислотами внутри первой группы 0
Средний вес замен между аминокислотами внутри второй группы 0,83
Средний вес замен между аминокислотами обеих групп -0,8125

Вот ссылка на .xls-файл, содержащий рассчеты веса.

2.Вычисление веса замен аминокислот на основе одного блока

Поиск блоков проводился по AC белка: P00811
Название выбранного блока: IPB001586E

Аминокислоты, выбранные для расчёта весов замен: Вычисление проводилось по следующей формуле:
ROUND (log2(bxy/(ball*ax*ay)), где
bxy - количество пар замен выбранных аминокислот;
ball- общее количество пар аминокислотных замен;
ax - средняя встречаемость x-ой аминокислоты;
ay - средняя встречаемость y-ой аминокислоты;
ROUND - функция, которая округляет числа до целых.

Результаты:
Пара аминокислот Средний вес замены на основе блока IPB001586E
A-A 3
A-D -1
A-E 2

Рассчеты находятся в этом .xls-файле.

©Виктор Соколов