Синим цветом выделена цепь B белка.
AMPC SM3 - лиганд. По системе cpk окрашены все аминокислоты цепи B, входящие в радиус 4.0А вокруг лиганда (они еще и подписаны). Вот скрипт, благодаря которому получено данное изображение. С помощью изображения можно составить план генно-инженерного эксперимента. |
||
Скрипт, с помощью которого получено изображение:
|
Если мы заменим аминокислоту ser64:b на каку-либо другую, в которой не будет атома OG 3295, то ковалентная связь между этим атомом и атомом B 5662 из комплекса SM3 не будет образовываться, что приведет к потери связи комплекса SM3 с цепочкой B.
Список аминокислот, контактирующих с SM3:
leu293:b, gly317:b, ala318:b, asn152:b, tyr221:b, lys67:b, tyr150:b, gly320:b, thr319:b, leu119:b, ser64:b;A.
Если мы заменим аминокислоту ser64:b на какую-либо другую, в которой не
будет атома OG 3295, то ковалентная связь между этим атомом и атомом B 5662 из
комплекса SM3 не образуется, что приведет к потери связи комплекса SM3 с
цепочкой B.
Точнее если мы заменим гидрофильные а.о. на гидрофобные, то скорее всего не
будет гидрофобного взаимодействия, однако могут быть атомы, обладающие
гидрофобными свойствами в гидрофильной а.о., поэтому точно сказать нельзя.
Водородная связь образуется между атомами SM3964B.OA (5659) и ASN152B.ND (3984), между SM3964B.OA (5663) и ALA318B.N (5272). Замена ASN152 на GLN не приведет к изменению химических взаимодействий, остается надеятся, что лишний атом углерода в аминокислоте GLN не повлияет на конфигурацию белка.
Аналогично, если мы заменим ALA318 на GLY, то химических последствий не будет, но возможно изменение конфигурации белка, т.к. в аминокислоте ALA на один больше атомов углерода, чем в GLY.