ОПИСАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ ДИГИДРОДИПИКОЛИНАТ РЕДУККТАЗЫ ПО ДАННЫМ БАНКА PDB, КОД 1arz

| трипептид | 3D-структура белка | вторичная структура | лиганды | общие характеристики белка | главная страничка |

  • Метод определения структуры: (длина бактерии E.coli считалась равной 2 нм)
    рентгеноструктурный анализ, разрешение 2,6 angstroms

  • Диаметр всего комплекса:
    приблизительно составляет 102 A (10,2*10-9 м) или 0.0051 бактерий E.coli
    (расстояние измерено между атомами asp67a.cg и asp3c.cb,)

  • Диаметр цепи В:
    приблизительно составляет 64 (6,4*10-9 м) или 0.0032 бактерий E.coli
    (расстояние измерено между атомами glu59b.ca и his197b.cd)

увеличить
    На рисунке изображен комплекс, включающий в себя 4 цепи собственно белка (выделены разными цветами и подписаны), а также молекулы (они все показаны и подписаны на рисунке слева, обратите внимание на надпись под рисунком): NAD (3 штуки), PDC (3 штуки), Potassium ion (2 штуки), phosphate ion (1 штука), а также более ста молекул воды, которые на рисунку обладаюь 60% видимостью для некоторого снятия напряжения и нагромождения с рисунка. 
    RESTRICT NONE
select all
color cpk
wireframe 10
background white
zoom 200
restrict *b
center *b
script 1arz.def
restrict cont_nad
select cont_nad
wireframe 30
select nad274:b
wireframe 70
zoom 500
center nad274:b
select atn
cpk 100
color cpk
label %n%a
SELECT CONT_1ARZ_HOH_NAD
CPK 100
LABEL %N%A
set fontsize 11
set fontstroke 1
ECHO - NAD AND RESIDUES ARE NOW DISPLAYED
ECHO - PRESS ANY KEY TO VIEW PDC AND PRESIDUES
ECHO
pause
restrict none
label off
select all
color cpk
wireframe 10
background white
zoom 250
restrict *b
center *b
restrict cont_1arz_pdc
select cont_1arz_pdc
wireframe 30
select pdc275:b
wireframe 70
zoom 500
center pdc275:b
select atp
cpk 100
color cpk
label %n%a
SELECT CONT_1ARZ_HOH_PDC
CPK 100
LABEL %N%A
set fontsize 11
set fontstroke 1
ECHO - PDC AND PRESIDUES ARE NOW DISPLAYED
ECHO - PRESS ANY KEY TO VIEW NAD, PDC AND PRESIDUES
ECHO
PAUSE
RESTRICT NONE
LABEL OFF
select all
color cpk
wireframe 10
background white
zoom 250
restrict *b
center *b
restrict CONT_1ARZ_M
select CONT_1ARZ_M
wireframe 30
select nad274:b, PDC275:B
wireframe 50
zoom 450
center nad274:b
select atn, ATP
cpk 100
color cpk
label %n%a
SELECT CONT_1ARZ_HOH_NAD
CPK 100
LABEL %N%A
SELECT CONT_1ARZ_HOH_PDC
CPK 100
LABEL %N%A
set fontsize 11
set fontstroke 1
ECHO - NAD, PDC AND PRESIDUES ARE NOW DISPLAYED
ECHO - PRESS ANY KEY TO VIEW CHAIN B, NAD AND PDC
ECHO
PAUSE
RESTRICT NONE
LABEL OFF
select all
color cpk
wireframe 10
background white
zoom 300
restrict *b
WIREFRAME OFF
BACKBONE 10
center *b
select NAD274:B, PDC275:B
wireframe 80
SELECT PDC275:B.N1
label PDC
SELECT NAD274:B.NO7
LABEL NAD
SELECT SER43:B.CB
LABEL CHAIN B
set fontsize 10
set fontstroke 1
SELECT AA1_NAD
WIREFRAME 60
COLOR CPK
SELECT ARG16:B.O  
LABEL AA1_NAD 
SELECT AA1_PDC
WIREFRAME 60
COLOR CPK
SELECT lys163:B.o
label AA1_PDC
SELECT AA2_NAD
WIREFRAME 60
COLOR CPK
SELECT gly102:B.o
LABEL AA2_NAD
SELECT AA2_PDC
WIREFRAME 60
COLOR CPK
SELECT phe129:B.O
LABEL AA2_PDC
ECHO - YOU CAN SEE CHAIN B, NAD, PDC, AA1 AND AA2 DISPLAYED.
 Этот скрипт, используя определенные в файле def подмножества, выделяет сначала лиганд NAD, а также аминокислотные остатки, которые взаимодействуют с ним, подписывает аминокислотные остатки, и NAD, выделяет и подписывает взаимодействующие атомы, затем лиганд PDC, а также аминокислотные остатки, которые взаимодействуют с ним, подписывает аминокислотные остатки, и PDC, выделяет и подписывает взаимодействующие атомы, затем демонстрируется взаимное расположение двух лигандов, а также аминокислотных остатков, которые окружают NAD и PDC, аминокислотные остатки подписываются, подписываются NAD и PDC, выделяются взаимодействующие атомы, следующим шагом этот скрипт показывает цепь B, а также два лиганда: NAD и PDC, а также аминокислотные остатки, над которыми может быть проведен генно-инженерный эксперимент.
© Бирюков Иван   
2005 год