Мембранные белки

Построение парного выравнивания исследуемого белка и заданного прототипа

• Исследуемый белок:
  AC UniProt O65045
• Прототип:
  AC UniProt Q41372
  ID PDB 2B5F

Для начала были исследованы записи PDB и UniProt белка-прототипа на расхождения.
Было построено выравнивание этих двух аминокислотных последовательностей с помощью программы ClustalW. Если не считать удлиненной записи из PDB (которая нам не помешает), можно считать их идентичными.

После была получена через UniProt последовательность исследуемого белка.
Программой ClustalW она была выровнена с последовательность белка-прототипа, взятой из ресурса PDB.
В формате msf:

*

2

0

*

4

0

*

6

0

*

8

0

2

B

5

F

_

A

|

P

D

B

:

M

S

K

E

V

S

E

E

A

Q

A

H

Q

H

G

-

K

D

Y

V

D

P

P

P

A

P

F

F

D

L

G

E

L

K

L

W

S

F

W

R

A

A

I

A

E

F

I

A

T

L

L

F

L

Y

I

T

V

A

T

V

I

G

H

S

K

E

T

V

V

C

G

S

V

G

L

L

G

I

A

W

A

F

G

:

8

2

u

n

i

p

r

o

t

|

O

6

:

M

A

K

E

G

S

K

E

V

E

Q

Q

G

F

A

A

K

D

Y

K

D

P

P

P

A

A

L

F

D

V

S

E

F

K

L

W

A

F

Y

R

A

I

I

A

E

F

I

A

T

L

L

F

L

Y

I

T

V

A

T

V

I

G

H

K

R

N

Q

A

A

C

G

S

V

G

L

L

G

I

A

W

A

F

G

:

8

3

*

1

0

0

*

1

2

0

*

1

4

0

*

1

6

0

2

B

5

F

_

A

|

P

D

B

:

G

M

I

F

V

L

V

Y

C

T

A

G

I

S

G

G

H

I

N

P

A

V

T

F

G

L

F

L

A

R

K

V

S

L

L

R

A

L

V

Y

M

I

A

Q

C

L

G

A

I

C

G

V

G

L

V

K

A

F

M

K

G

P

Y

N

Q

F

G

G

G

A

N

S

V

A

L

G

Y

N

K

G

T

A

L

:

1

6

5

u

n

i

p

r

o

t

|

O

6

:

G

M

I

F

V

L

V

Y

C

T

A

G

I

S

G

G

H

I

N

P

A

V

T

F

G

L

F

L

A

R

K

V

S

L

P

R

A

V

L

Y

M

V

A

Q

C

L

G

A

I

C

G

C

G

L

V

K

A

F

Q

K

S

Y

Y

D

Q

Y

G

G

G

A

N

S

V

A

H

G

Y

T

K

G

V

G

L

:

1

6

6

*

1

8

0

*

2

0

0

*

2

2

0

*

2

4

0

2

B

5

F

_

A

|

P

D

B

:

G

A

E

I

I

G

T

F

V

L

V

Y

T

V

F

S

A

T

D

P

K

R

S

A

R

D

S

H

V

P

I

L

A

P

L

P

I

G

F

A

V

F

M

V

H

L

A

T

I

P

I

T

G

T

G

I

N

P

A

R

S

F

G

A

A

V

I

F

N

S

N

K

V

W

D

D

Q

W

I

F

W

V

G

:

2

4

8

u

n

i

p

r

o

t

|

O

6

:

S

A

E

I

I

G

T

F

V

L

V

Y

T

V

F

S

A

T

D

P

K

R

N

A

R

D

S

H

V

P

V

L

A

P

L

P

I

G

F

A

V

F

M

V

H

L

A

T

I

P

I

T

G

T

G

I

N

P

A

R

S

F

G

A

A

V

I

Y

G

H

Q

K

I

W

D

E

H

W

I

F

W

V

G

:

2

4

9

*

2

6

0

*

2

8

0

*

3

0

0

2

B

5

F

_

A

|

P

D

B

:

P

F

I

G

A

A

V

A

A

A

Y

H

Q

Y

V

L

R

A

A

A

I

K

A

L

G

S

F

R

S

N

P

T

N

L

E

Q

K

L

I

S

E

E

D

L

N

S

A

V

D

H

H

H

H

H

H

:

3

0

3

u

n

i

p

r

o

t

|

O

6

:

P

F

L

G

A

A

G

A

A

A

Y

H

Q

Y

I

L

R

A

G

A

I

K

A

L

G

S

F

R

S

N

P

H

V

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

2

8

2

Разметка мембранных сегментов на выравнивании

4 transmembrane subunits 
A - Tilt: 9° - Segments: 1(37-58), 2(75-93), 3(102-111), 4(116-137), 5(164-182), 6(199-214), 7(223-232), 8(242-261) 
B - Tilt: 10° - Segments: 1(37-58), 2(75-93), 3(102-111), 4(116-137), 5(164-182), 6(199-214), 7(223-232), 8(242-261) 
C - Tilt: 9° - Segments: 1(37-58), 2(75-93), 3(102-111), 4(116-137), 5(164-182), 6(199-214), 7(223-232), 8(242-261) 
D - Tilt: 10° - Segments: 1(37-58), 2(75-93), 3(102-111), 4(116-137), 5(164-182), 6(199-214), 7(223-232), 8(242-261) 

Предсказание топологии заданного белка с помощью программы TMHMM