Метаболические пути. KEGG.

Поиск в KEGG

Мое задание: превращение серина в цистеин. KEGG ссылка LIGAND позволяет провести поиск по названию вещества (соответственно, serine и cysteine).
Найденные резултаты:

SERINE
ID: c00065;
Синонимичные имена:
L-Serine;
L-2-Amino-3-hydroxypropionic acid;
L-3-Hydroxy-alanine
Формула:
C3H7NO3
CYSTEINE
ID: c00097;
Синонимичные имена:
L-Cysteine;
L-2-Amino-3-mercaptopropionic acid;
Формула:
C3H7NO2S

Поиск метаболического пути

Снова с главной странице проходим по ссылке Table of contents.
Сначала мы запрашиваем идентификаторы исходного вещества и продукта и задаем их красным цветом:
c00065 red
c00097 red
В результате получаем список карт. Я выбрал карту Cysteine metabolism (Метаболизм цистеина).
Затем был выбран кратчайший путь, причем были покрашены желтым цветом ферменты, необходимые для реакций.
Для этого к запросу
c00065 red
c00097 red
было добавлено:
2.3.1.30 yellow
2.5.1.47 yellow
Изображение пути:

Исследование выбранного метаболического пути

В моем пути 2 этапа.

***Возможный путь превращения серина в цистеин***
Этап	Ферментативная реакция	Фермент
1	L-Serine + Acetyl-CoA = O-Acetyl-L-serine + CoA	EС 2.3.1.30
2	O-Acetyl-L-serine + Hydrogen sulfide = L-Cysteine + Acetate	EC 2.5.1.47

Для 2-го этапа требуется поступление извне H2S, что указано отдельно на карте.
Возможен 1 альтернативный путь с 2-мя этапами, где во втором используется фермент 2.5.1.49.

Организм	Возможно ли превращения серина в цистеин по данным KEGG?	Краткое обоснование
Homo sapiens	Нет	Такого пути нет, неизвестны гены ферментов для обоех стадий (2.3.1.30; 2.5.1.47)
Escherichia coli	Да	Есть для основного пути все гены ферментов присутствуют (2.3.1.30; 2.5.1.47)
Pseudomonas aeruginosa PAO1	Да	Для этого существует уже 2 пути: основной (2.3.1.30; 2.5.1.47), и дополнительный (2.3.1.30; 2.5.1.49)
Methanococcus janaschii	Нет	Невозможен ниодин путь, неизвестны гены ферментов 2.3.1.30, 2.5.1.47 и 2.5.1.47

БД KO содержит наборы вручную созданных групп генов-ортологов в полных геномах.
При переходе в режим Reference map (KO) синим стали окрашиваться те ферменты, к которым есть ссылки
на соответствующие записи в KO.

Изучение KEGG

При поиске в KEGG по запросу beta-lactamase precursor можно получить всевозможные ссылки на гены в которых как-то участвует beta-lactamase precursor.
При нажатии кнопки BRITE hierarchy на страничке описания гена можно
получить иерархию генов.
При поиске в BRITE по запросу ecc00001 (BRITE ID) можно получить иерархию генов в определенном организме.
При поиске в KO по запросу E3.5.2.6 можно получить информацию о конкретном ферменте.
При поиске в GENES по запросу beta-lactamase precursor можно получить информацию о генах, затрагивающих beta-lactamase precursor.
При поиске в LIGAND по запросу beta-lactamase можно получить информацию о ферменте, содержащего beta-lactamase.
При поиске в банке данных SwissProt (вообще самые разные банки) ппо запросу P00811 (AC) была получена информация о белке ampC_EColi