Главная страница второго семестра

1. Изучение матрицы BLOSUM62

С помощью вычисление в Excel'е был вычислен средний вес замен между разными аминокислотами внутри первой группы (аминокислоты A, G, S, T), внутри второй группы (аминокислоты M, I, V, L) и между группами.

Результаты в следующей таблице:

Средний вес замен Результат
A, G, S, T 1,2
M, I, V, L 2,3
A, G, S, T и M, I, V, L -1,685

Группа AGST несколько неоднородна по свойствам аминокислотных остатков: аланин и глицин - гидрофобные, серин и треонин - гидрофильные, внутри группы есть отрицательные значения весов замен, в отличие от группы MILV, состоящей из аминокислотных остатков гидрофобного характера.

Средний вес замены между группами отрицателен, т.к. свойства между аминокислотными остатками сильно различаются.

Полные расчеты представлены в таблице

2. Расчет весов замен на основе одного блока

Из базы данных BLOCKS был выбран Block IPB005814. С помощью программы pairs_count.exe была получена таблица с количеством различных пар аминокислот в блоке (процент идентичности 62). На основе полученных данных рассчитаны веса аминокислотных замен для трёх аминокислот: A, C, D. Все расчеты представлены в таблице .

3. Вычисление весов замен аминокислот на основе большой выборки

Проделана работа, аналогичная с работой в пункте 2, но с 200 блоками. Расчеты преставлены в таблице

Результаты по пунктам 2 и 3:

пара по одному блоку по 200 блокам по blosum62
AA 3,43 0,33 4
AC 3,63 0,40 0
AD -1,03 0,15 -2

Как видно из приведенной выше таблицы, определенной закономерности не прослеживается. Очевидно это связано с тем, что 200 блоков не достаточно для установления закономерности.

©Cпартак Ненчук