Шестой семестр

Молекулярное моделирование биополимеров

I. Знакомство с Pymol.

II. Работа Pymol.

III.Cеми-эмпирические вычисления: Mopac.

IV. Abinitio вычисления для нафталина и азулена. Pfam.

V. Вычисление валентных параметров для молекулярной механики.

VI.Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики.

VII. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS.

VIII. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS.

IX. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS.

X.Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом.

XI.Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка.

XII.Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.

XIII.Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.

Главная

© Чернецова Даша