Чтобы определить точечные заряды воспользовались набором скриптов RED на perl. С помощью babel получили pdb файл этана (взято из предыдущего практикума). Добавили путь к скриптам в системный путь:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/binС помощью скрипта Ante_RED.pl подготовили pdb файл: Ante_RED.pl et.pdb Далее, так как все подошло, переименовали его в Mol_red1.p2n. Запустили RED:RED-vIII.4.plВ результате получился файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами.
Потом получили файл с топологией этана.
Было дано два состояния системы: первое соответствует газовой фазе (расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем), и второе - жидкое. В ходе моделирования необходимо определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами.
С помощью скрипта получили файлы с расчётом средней энергии для разных значений эпсилон.
Значения (для молекул в жидкой фазе) :
epsilon average energy (kJ/mol) LJ Coulomb 1.00000 -249.467 0.00259666 .12500 -28.8355 0.000163598 .03703 -8.25613 6.73105e-05 .01562 -2.62198 0.000228645 .00800 -2.91346 0.000261196 .00462 -2.26362 0.000166036 .00291 -0.980166 0.000129723 Значения (для молекул в газовой фазе):
epsilon average energy (kJ/mol) LJ Coulomb 1.00000 -0.000226728 3.87547e-05 .12500 -0.000158166 3.87606e-05 .03703 -0.000141376 3.89777e-05 .01562 -0.000134444 3.89762e-05 .00800 -0.000130805 3.89787e-05 .00462 -0.00012861 3.89867e-05 .00291 -0.000127178 3.89819e-05 Таким образом, вклад кулоновских сил в сравнении с вандерваальсовыми маловат.
значение epsilon, при котором энтальпия равна 5.4 кДж/моль, лежит между 0,026 и 0,027.