I. Оптимизация структур нафталена и азулена
Азулен: C1=CC=C2C=CC=C2C=C1
Нафтален: С1ССС2ССССС2С1
Видно, что, в отличие от нафталена, структура азулена не плоская. Попытаемся изменять ее структуру (с помощью obgen) в разных силовых полях.
obgen azu.smi -ff [MMFF94 or MMFF94s or UFF] > [azu1.mol, azu2.mol, azu3.mol]
В силовом поле UFF видим правильную геометрию ароматической молекулы, дальше будем работать с ней (оптимизация с помощью Mopac).
По окончании оптимизации получили два входных файла для GAMESS: azu_opt.inp и nap_opt.inp.
II. Оптимизация с помощью GAMESS
После оптимизации с помощью GAMESS (базис N31) были получены файлы: azu_opt.log и nap_opt.log.
III. Расчёт энергии методом Хатри-Фока и методом теории функционала плотности
Создали по два файла для каждого соединения: азулен(Хатри-Фок), азулен(DFT), нафтален(Хатри-Фок), нафтален(DFT).
Получили по два файла с энергией: азулен(Хатри-Фок), азулен(DFT), нафтален(Хатри-Фок), нафтален(DFT).
IV. Сравнение энергии, полученной методом Хатри-Фока и методом теории функционала плотности
Вещество Хартри-Фок DFT Нафтален -383.3547 -385.6401 Азулен -383.2814 -385.5846 Δ, Hartree 0,07335 0,0555 Δ, kCal/mol 46,02778 34,8267 Для получения значения разницы энергий в ккал/моль: 1 Hartree = 627.509kCal/mol
-
Известно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol. Видно, что метод теории функционала плотности даёт результат близкий к экспериментальным, выходит, он лучше.
Шестой семестр
© Чернецова Даша