Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.

Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.

Название

Мнемоника

Bradyrhizobium diazoefficiens

BRADU

Agrobacterium tumifaciens

AGRRK

Rhizobium etli

RHIEC

Rhodobacter sphaeroides

RHOS4

Burkholderia cenocepacia

BURCA

Ralstonia solanacearum

RALSO

Neisseria meningitidis

NEIMA

Pseudomonas aeruginosa

PSEAE

Enterobacter sp. 638

ENT38

Escherichia coli

ECOLI

Salmonella typhimurium

SALTY

Yersinia pestis

YERPE

Yersinia pseudotuberculosis

YERPS

Vibrio cholerae

VIBCH

Vibrio fischeri

VIBFM

Haemophilus influenzae

HAEIN

Pasteurella multocida

PASMU

Proteus mirabilis

PROMH

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_16/term4/spectree.png

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.


Пример отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_16/term4/example.png