Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Эволюция последовательностей

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Блок 1: Молекулярная филогения

1. Что такое филогенетическое дерево

9 февраля 2018, С.А.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

2. Реконструкция филогении

16 февраля 2018, С.А.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

3. Укоренение и бутстрэп

2 марта 2018, С.А.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

4. Коллоквиум по первому блоку

16 марта 2018

[ программа коллоквиума ]

Блок 2: Профили, сигналы и эволюционные домены

5. Сигналы, мотивы, PWM

23 марта 2018, А.С. Ершова

[ презентация (в редакции ААл) ] [ задания ]

6. Мотивы в белках. PSSM и паттерны. PSI-BLAST. Банк Prosite

30 марта 2018, А.С. Ершова, С.А. Спирин

[ презентация ] [ задания ]

7. Домены. Pfam. HMM профиль.

6 апреля 2018, А.В. Алексеевский, А.С. Ершова

[ презентация: домены ] [ презентация: HMM профили ] [ задания ] [ скрипты ]

8. Обсуждение задания практикума 7. Консультация по вопросам коллоквиума. ROC-кривая

13 апреля 2018

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин

[ презентация: ROC ] [ презентация: HMM профили, стр. 24-32 ] [ задания ]

В презентации смотрите не только слайды, но и примечания к ним!

9. КОЛЛОКВИУМ

20 апреля

[ вопросы ]

Блок 3: Функциональные классы белков

10. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

27 апреля 2018, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ]

11. Геномное окружение. База данных GO

4 мая 2018, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ]

12. Трансмембранные белки

11 мая 2018, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ]

13. Коллоквиум по третьему блоку

18 мая 2018

Вопросы к коллоквиуму

К коллоквиуму 18 мая вы должны уметь узнавать по химической формуле следующие вещества и знать их полные названия (желательно знать, для чего они используются ферментами): АТФ, АДФ, АМФ, цАМФ, НАД/НАДН, НАДФ/НАДФН, ФАД, ФМН, хиноны/хинолы (класс соединений), КоА, биотин, тиаминдифосфат, гем (класс соединений).

Также нужно уметь узнавать:

  • обычные нуклеотиды (аденин, гуанин, тимин, урацил, цитозин);
  • аминокислоты (20 канонических);
  • сахара, жирные кислоты, фосфолипиды (как классы соединений, т.е. без индивидуальных названий).

14. Зачёт

25 мая 2018