Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

Упражнения

Данные для упражнений лежат здесь. Поддиректории названы номером упражнения. Можно брать любой из файлов, если их несколько.

1. Вычислительные формулы

1. (1) Вычислите сумму первых 20 чисел Фибоначчи: F₀ = 0, F₁ = 1, F_n = F_n–1 + F_n–2 при n > 1, представьте ее в экпоненциальном формате с одним знаком после запятой. Пример: 1.3E+4. (формула, распространение вниз, экспоненциальный формат)

2. (2) Постройте график функции Acos(2πnx + φ) на отрезке [0;10] с интервалом 0,01. Параметры A, n, φ должны лежать в отдельных ячейках так, чтобы их было удобно менять. n — целое, A и φ — любые действительные.

Объясните как меняется график при изменении параметров A, n, φ (формула, распространение вниз, график, задание параметров)

2. Работа с текстами

1. (1) Дан файл со списком студентов. Добавьте первую колонку с идентификаторами вида <Фамилия>_<Имя>.Пример из "иван" "Иванов" надо получить "Иванов_Иван". Следите за прописными и строчными! (начальная прописная, соединить текст)

2. (1) Дан файл с идентификаторами участков последовательностей белков (доменов — для тех, кто знает это слово). Создайте плоскую таблицу с четырьмя колонками: идентификатор всего белка (имеет вид XXXX_YYYYY), начало участка, конец участка, длина участка. (разбить колонку по разделителям, плоская таблица, длина ранга)

3. (3) Дан файл со списком штаммов бактерий. Добавьте колонку сокращенных названий видов. Формат видового названия: <Первая буква рода>_<вид>. Например, из "Escherihia coli K12" надо получить "E.coli" (левый символ, найти, длина - многоходовка)

3. Составление таблиц, адреса и ссылки

1. (1) Дан файл с последовательностью ДНК, записанной в один столбец. На новом листе составьте таблицу встречаемости нуклеотидов A, T, G, C в ней. Первая колонка – нуклеотид, вторая – число встреч, третья – процент от общего числа нуклеотидов. ( счёт если, процент от суммы)

2. (2) Создайте файл Excel, в котором последовательность вашего белка записана в колонку сверху вниз. Название колонки: my_protein. (номер строки, выбор символа из текста - как минимум, двухходовка)

3. (1) Дан файл с последовательностью белка, записанной в один столбец (можно взять свой белок). Составьте таблицу встречаемости 20-и аминокислотных остатков – аналогично заданию 3a.

4. (3) Дан файл с последовательностями нескольких белков; 1я колонка - идентификатор белка, вторая - аминокислотный остаток. На новом листе составьте таблицу встречаемости аминокислотных остатков в белках. 1я строка содержит коды 20-и аминокислот, 1й столбец - идентификаторы белков, в ячейке - число встреч аминокислотного остатка в белке. (удаление повторов, транспонирование строки, счёт если множественный).

5. (2)Дана таблица встречаемости аминокислотнах остатков в белках (можно взять результат предыдущего задания). Создайте таблицу с процентами встречаемости аминокислот в каждом белке. (суммы, проценты, распространение формул по таблице)

4. Статистические

1. (1) Дан файл с набором длин последовательностей всех изоформ белков человека (с одного гена может экспрессироваться, т.е. производится, несколько изоформ белка в результате альтернативного сплайсинга). Рассчитайте среднюю длину, стандартное отклонение (среднее квадратичное отклонений данных от среднего значения), медиану, минимальное и максимальное значение.

2. (1) Дано несколько наблюдаемых значений величины. Пример: длины белков. Рассчитайте среднее значение и среднее квадратичное отклонение наблюдаемых значений от среднего по формулам. Отклонением величины x1 от среднего называется разность (x1 - E), где E - среднее арифметическое yнаблюдаетмых величин. Среднее квадратичное трех чисел x1, x2, x3 равно КОРЕНЬ( ( x1² + x2² + x3²)/3 ). Сравните с теми же величинами, рассчитанными с помощью Excel, раздел - статистические функции, СРЗНАЧ и СТАНДОТКЛ.

3. (2) Дана таблица частот (в процентах) встречаемости аминокислотных остатков в нескольких белках. Для каждого остатка рассчитайте среднюю частоту и стандартное отклонение от среднего.

5. Логические

1. (1) Даны координаты генов в геноме в формате: первая колонка – первый нуклеотид старт-кодона, вторая колонка – последний нуклеотид стоп-кодона. Добавьте колонку "ориентация гена": 1, если он закодирован на прямой цепи, –1, если на обратной. (если)

2. (1) Дана та же таблица. Добавьте две колонки, в которых координаты гена указаны в порядке: меньшее значение, большее значение. (если)
3. (3) Дана та же таблица. Добавьте колонку, в которой группы подряд идущих одинаково ориентированных генов отмечены одним номером. Номера групп идут подряд: 1, 2, 3 и т.д. Допускается группа из одного гена. Пример результата:

gene_start gene_end gene_ori group_no
1          100      +1       1
120        130      +1       1
140        128      -1       2
150        200      +1       3
260        210      -1       4
320        270      -1       4
......   

(если посложнее)

6. ВПР — вертикальный просмотр

1. (2) Дана последовательность белка в трехбуквенном коде. Создайте последовательность в однобуквенном коде, пользуясь таблицей перекодировки.