В процессе...

Задание 2: составьте таблицу, в которой для каждой плазмиды указан род и вид организма-хозяина

• В отчет включите:
  • ссылку на файл .xlsx (или Google Sheet, сделав этот документ Public — открытым на чтение для всех), в котором:
    • лист "plasmids" содержит необходимую информацию;
    • лист "genera" (множественное от genus) содержит таблицу со списком родов и числом плазмид в каждом роде;
    • лист "info" содержит данные для ответов на вопросы:
      • сколько плазмид известно в роде, к которому принадлежит ваша бактерия или архея?
      • сколько – в том же виде?
      • длина самой короткой плазмиды;
      • длина самой длинной плазмиды;
      • средняя длина плазмид;
      • медиана длин плазмид.
  • опишите (на веб-странице), что нового вы узнали о плазмидах (в т.ч. ответы на вопросы, сформулированные выше)?
  • как извлекали род из названия организма?
  • как составляли сводную таблицу по родам?
• Этапы.

  • Информацию о плазмидах следует скачать с сайта anonymous@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/genomes/GENOME_REPORTS/plasmids.txt по протоколу ftp; рекомендуется использовать FAR => Netbox

  • При импорте в Excel следите, чтобы числа с десятичной точкой не превратились в даты!!!
  • Итоговая таблица plasmids должна содержать следующие колонки:
    1. идентификатор – придумайте сами какой;
    2. название плазмиды;
    3. идентификатор записи с последовательностью в БД Refseq;

    4. то же — в INSDC;

    5. род организма-хозяина — первое слово в названии организма, если:

       • это слово начинается с заглавной буквы (если первый символ – кавычка, скобка или строчная буква, считаем, что ни род, ни вид для организма не определён, ставим прочерк "–");

       • это не слово "Candidatus" (если первое слово – "Candidatus", то родовым названием является второе слово, но "на тройку" в этом случае тоже можно поставить прочерк) .

    6. (*) колонка с названием вида — второе слово в названии организма (третье у Candidatus'ов); это задание является ДОПОЛНИТЕЛЬНЫМ.
    7. название организма и все остальные колонки из скачанного файла.
  • Создайте сводную таблицу genera.
  • Оформите веб-страницу практикума.
  • Заявите о готовности в очереди на проверку.

Задание 1:

Определить число видов данного таксона, геном которых секвенирован и составить сводную таблицу статусов полноты секвенирования

Данные: eukaryotes.txt или prokaryotes.txt, выбор за студентом.

Откуда скачивать данные: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS/

Этапы.

1. Создайте .xls (или .xlsx) файл с плоской таблицей из файла eukaryotes.txt. Следите, чтобы даты были введены корректно!
2. Отформатируйте таблицу чтобы была удобной для рассматривания
3. Создайте страницу organisms
4. Создайте сводную таблицу, в которой строки соответствуют названиям организмов, столбцы - статусам геномов (колонка status), в ячейке - число сборок генома с таким статусом
5. Создайте страницу legend. Внесите ответы на вопросы:
   • У скольких видов эукариот секвенированы геномы
   • У скольких геном признан секвенированным полностью (complete или complete genome)
   • У какого вида самый большой геном среди секвенированных и какой его размер? Указать также группу и подгруппу.
   • У какого вида самый низкий GC состав и у какого - самый высокий? Указать проценты нукл. G и С.