Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Экзамен

Экзамен включает две темы.

• Алгоритмы – весенний семестр. Вопросы спрашивайте у А.А.Миронова. В прошлом году вопросы были такие.
  (Насколько мне известно, А.А. собирался оставить те же основные вопросы, но как дополнительный может быть задан вопрос о картировании ридов и преобразовании Барроуза — Уилера. С.А.С.)

• Биоинформатика 3D, см. ниже на этой странице.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.

Биоинформатика 3D

Оценка за 3D выставляется при зачтенном отчете о валидации структуры (нужен текст) и всех практикумов 1,2, 5 – 10.

Оценка равна среднему арифметическому трех оценок: за РСА, за журнальный клуб, за ответ на экзамене. Выставляется с точностью до десятых.

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают дополнительно билет из коллоквиума по РСА. В экзамен идет последняя оценка.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад, оппонирование и активность. Если доклада и/или оппонирования не было, то получить ее на экзамене невозможно.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

Каждый билет будет включать по вопросу из лекций и из журнального клуба.

Вопросы из лекций

1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
2. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.
3. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
4. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
5. Поверхность макромолекулы.
6. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
7. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold или CE. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.
8. Постановка задачи гибкого пространственного выравнивания.
9. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Презентации лекций

• Вопрос 1.[презентация (втор. структура)]

• Вопрос 2. [презентация (г/ф ядра)]

• Вопросы 3–4. [презентация (домены)]

• Вопрос 5. [презентация (поверхность)]

• Вопросы 6–7. [презентация (3D выравнивание)]

• Вопрос 8. [презентация АЗ] [старая презентация ААл]

• Вопрос 9. [презентация (классификация)]

Вопросы из журнального клуба

Презентации и статьи см. на диске Р/y14/term7/... Тех, кто не прислал свои презентации, прошу это сделать срочно! Назвать презентацию надо так: <тема (коротко!)>_<авторы(-ы)> — все латинскими буквами без пробелов. ААл

1. FoldIt (что это такое, целевая функция, пример(-ы) использования в науке)

2. Rosetta (что это такое, основная идея моделирования, успехи и применения)
3. CASP (что это такое, цели, успехи; как измерять соответствие модели РСА структуре: RMSD и CAD-score)

4. CryoEM (основы технологии, разрешение – отличие от РСА, пример расшифровки, сравнение с РСА: преимущества и недостатки)

5. Белки без постоянной структуры (что это такое, распространение, особенности функционирования, ....)
6. Эволюция укладок. Примеры (циклические перестановки: как происходят, при каком условии на структуру возможны; возможно ли изменение укладки белка при небольшом числе точечных мутаций последовательности, ...).

7. Моделирование белков (моделирование de novo – возможно ли?, моделирование ферментов, ...)

8. Предсказание вторичной структуры по последовательности: примеры программ, точность предсказания

Дополнительно.

К вопросам 3–4 см. также презентацию P.E.Bourne.

На всякий случай выкладываю ещё прошлогодние презентации:
Структурные единицы
Пространственное выравнивание и совмещение