Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 9. Структура и свойства аминокислот. ChemSketch. Задания

Форма отчетности по этому практикуму: протокол в формате .doc или .docx. Рекомендуется использовать формат .doc.

Проверяется (как и в прошлом блоке) файл XXXXXXX_pr9.doc (или docx) в директории term1/block2/credits.

Срок сдачи отчета: 23:59 10.11.2012. [По многочисленным просьбам, а также дабы дать время подумать над оформлением протоколов]

Задание №1

Пояснение к заданию: В таблице 1 приведено соответствие между студентом и тремя аминокислотами, с которыми предстоит работать в задании.

Задание:

1. С помощью программы ChemSketch изобразите две последовательные химические реакции, ведущие к образованию пептида XYZ, состоящего из тех аминокислот, которые Вам выданы. Исходите из предположения, что пептид синтезируется на рибосоме (в отчете в самом начале укажите, что трипептид образован при таком условии, и объясните своими словами, что оно подразумевает). Уходящие в виде молекулы воды атомы в каждой реакции выделите цветом (любым, на Ваш выбор). Подпишите аминокислоты их трехбуквенными и однобуквенными обозначениями в ChemSketch.

2. Сохраните получившийся файл в формате .sk2 (обычном формате ChemSketch) и в формате .pdf. В отчете приведите изображение реакций (не забудьте написать вводное предложение со ссылкой на картинку, а также подписать картинку).

Задание №2

Пояснение к заданию: При ответе на вопросы этого задания либо цитируйте вопрос, выделяя его другим стилем, например, курсивом (чтобы он явно отличался от основного текста), либо включайте его в повествовательной форме в ответ. Например:

Вопрос: Какая сегодня температура на улице?
На улице +30 градусов Цельсия.

или

Сегодня на улице температура +30 градусов Цельсия.

Иными словами, в отчете должен содержаться связный текст или последовательные ответы на перечисленные вопросы, а не просто ответы.

Задание:

Ответьте на следующие вопросы, касающиеся Вашего пептида.

1. Какая аминокислота находится на N-конце пептида, а какая на C-конце?
2. К каким функциональным группам (из рассмотренных на занятии или выделенных в других источниках – укажите в каких) можно отнести каждую аминокислоту Вашего трипептида?
3. К какому химическому классу (альфа, бета, гамма и т.п.) относится каждая из аминокислот Вашего пептида?

Задание №3* (необязательное, повышенной сложности)

Задание: В файле ChemSketch отметьте символом * хиральные центры. Используя возможность изображения пространственной ориентации связи (кнопки «Up Stereo Bonds» и «Down Stereo Bonds» в режиме «Structure»), укажите каким стереоизомером является каждая аминокислота Вашего трипептида и подпишите обозначение типа стереоизомера (L или D) для каждой аминокислоты. Вставьте полученное изображение в отчет. Используя тот же самый символ химической связи (если для предыдущей картинки этого задания Вы выбрали закрашенный треугольник, то тут обязательно используйте его же!) нарисуйте химическую формулу Вашего трипептида с другим стереоизомером аминокислоты Y. Вставьте полученное изображение в отчет.

Подсказка к заданию: На рисунке 1 изображена произвольная молекула с двумя хиральными атомами углерода. Связь, отображенная символом залитого треугольника, указывает на следующее: если все связи, нарисованные обычным способом при том же атоме, разместить в плоскости, то группа, на которую она указывает (в нашем случае - OH) будет направлена на наблюдателя. Соответственно, второй тип связи указывает направление от наблюдателя.