Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 8. Jmol. Задания

Форма отчетности по этому практикуму: протокол в формате .doc или .docx. Рекомендуется использовать формат .doc.

Проверяется (как и в прошлом блоке) файл XXXXXXX_pr8.doc (или docx) в директории term1/block2/credits. Также проверяется файл Jmol/Jmol.jar в Вашей домашней директории.

Срок сдачи отчета: 23:59 02.11.2012.

Подготовка

Создайте в своей директории term1 директорию block2, а в ней – директорию pr8 (для этого занятия). В ней создайте и ведите протокол, а в нем описывайте результаты выполнения практикума.
Установите Jmol на свой компьютер, используя информацию из файла с подсказками, размещенного на рабочей страничке семестра. Скачайте структуру фрагмента роторной мембранной АТФ-синтазы (4ASU), с которой Вы будете работать на этом занятии.

Задание №1

Пояснение к заданию: В таблице 1 приведено соответствие между студентом из каждой группы и названием аминокислоты. Если по какой-то причине Вас нет в таблице – сообщить об этом преподавателю.

Задание: Указать в отчете, какая аминокислота Вам выдана, представить ее однобуквенное и трехбуквенное сокращение, а также английское название (воспользуйтесь поиском Google или любым другим способом для получения этих данных). Средствами Jmol в PDB-файле 4ASU (это фрагмент роторной мембранной АТФ-синтазы) показать, где в этой структуре находится цепь А (рисунком), и где в этой отдельно взятой цепи встречается выданная Вам аминокислота (рисунком). Описать оба рисунка словами, обязательно указав что каким цветом покрашено, что как подписано.

ВАЖНО: Быть готовым к следующему занятию рассказать в двух словах о своих наблюдениях за встречаемостью аминокислот. Во время занятия спрашивать буду каждого, и результаты ответа будут учитываться в виде баллов.

Задание №2

Пояснение к заданию: Отнеситесь к заданию творчески, не ищите легкого пути, и это будет оценено.

Задание: Средствами Jmol создайте красивое изображение белка 4ASU и включите в отчет скрипт, которым оно было получено. Постарайтесь использовать разные команды из файла с подсказками, экспериментируйте с цветами.
Обязательно должны быть использованы как минимум следующие команды:

• для разных наборов атомов:

  • wireframe,

  • ribbons,

  • cpk,

  • backbone,

  • label;

• для всего изображения:

  • rotate,

  • background.

ВАЖНО: Изображение, которое Вы предоставляете, должно полностью воспроизводиться скриптом (включая поворот молекулы в нужном ракурсе). Если вдруг окажется, что Ваше воображение в деталях воспроизвело воображение любого Вашего коллеги, зачет по блоку для обоих будет включать демонстрацию владения средствами Jmol.
Крайне желательно, чтобы вставленный в отчет скрипт был понятным и не содержал "лишних" команд.

Задание №3 (повышенной сложности)

Пояснение к заданию: Текст задания написан цветом фона, поэтому выделите его мышью чтобы увидеть.

Задание:

Получение зачета за блок

Что надо будет сделать обязательно:

• представить отчет в виде набора страниц HTML на Вашем учебном сайте, в котором будет описание анализа структуры Вашего белка средствами Jmol (занятия №10 и №11);
• представить протоколы занятий №8 и №9;
• сдать мини-зачет по свойствам аминокислот.

За что можно получить дополнительные баллы:

• за вдумчивое выполнение всех домашних заданий и дополнительного задания по Вашему белку;
• за правильные ответы на контрольных