Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Практикум 1. Задания

Обязательные задания

  1. Заведите учетную запись на сервере kodomo.

  2. Настройте свой почтовый ящик на kodomo.
  3. Пошлите преподавателям (ААл, САС, ЮК, ...) письмо, содержащее:
    • Вашу фамилию латинскими буквами в поле "Subject";
    • приветствие преподавателям;
    • несколько фраз о том, как Вы оцениваете свою компьютерную грамотность: какими программами умеете пользоваться, есть ли у Вас навыки программирования, как относитесь к компьютеру;
    • пару фраз о том, насколько Вы владеете английским языком;
    • любую другую информацию, которой Вам захотелось поделиться с преподавателями;
    • Ваш адрес в Google Mail, если он есть;
    • подпись: Ваше имя (каким именем подписываетесь, так к Вам, обычно, и обращаются в ответном письме).
  4. Зайдите в доменную систему под своим пользовательским именем. На диске H создайте директорию term1, в ней поддиректорию block1, в ней поддиректорию pr1.

Дополнительные (не обязательные) задания

Результаты сохраните в файле Protocol.doc (или docx) в директории term1/block1/pr1 диска H. В конце занятия отошлите второе письмо преподавателям, присоединив к нему файл протокола.

Задания можно доделывать в часы работы компьютерного класса или дома и прислать до четверга включительно.

  1. * Определите время создания, объем в битах, байтах и килобайтах одного из файлов с расширением fasta, лежащего на диске P в директории y12. Используйте поиск.
  2. * Опишите, что содержится в файле.
  3. * Найдите повторы в последовательности. Выровняйте повторы (см. образец в презентации – она доступна на сайте kodomo.fbb.msu.ru/wiki и далее по ссылкам). Файл отправьте преподавателям.
  4. * (Для тех, кто знает кое-что про РНК.) Один повтор из CRISPR изображен на слайде 20 в презентации как шпилька (см. Рис.1). Найдите и отметьте в файле участки повтора, образующие стебель, и объясните почему образуется стебель.

Рисунок 1

Рисунок 1. Элементы вторичной структуры РНК: петля и стебель.