|
|
Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
Найдем в геноме Pasteurella multocida участки, кодирующие белки, похожие на IHFA_Ecoli (с E-value < 0.001) с помощью программы tblastx
Чтобы это сделать, напишем команду: blastall -p tblatn -d pm -i ihfa_ecoli.fasta -o ihfa_in_pm.blast -e 0.001
Поиск гомологов белка IHFA_Ecoli в геноме бактерии Pasteurella multocida
| Число находок с Е-value<0,001 |
3 |
| Характеристика лучшей находки: |
|
| |
E-value находки |
7e-37 |
| Название геномной последовательности |
AE006099 |
| Координаты выравнивания(-ий) в найденной последовательности |
[5798:5508] |
в ходе работы получен файл ihfa_in_pm.blast с результатами работы tblastx
Нахождение записи EMBL по последовательности с помощью программы BLASTN
Определим AC записи нынешнего релиза EMBL,
в которую попадает найденная в предыдущем упражнении последовательность гена
гомолога моего белка, а также координаты этого гена согласно аннотации EMBL.
Для этого запустим поиск этой последовательности в банке "EMBL standard prokaryote".
Это AE004439, участок [730356:730646]
В поле FT содержится инфлрмация о гене himA, расположенном на комплементарной цепи на участке (730350..730646).
Наш участок является частью CDS участка, комплиментарного (730350..730646), соответствующей записи белка Q9CN18
в UniProt.
-
Поиск гомологов с помощью программы BLASTN
возьмем запись AP009048, на которую ссылается запсиь о моем белке в SwissProt. В ней найдем участок CDS, соответствующий данному белку: это участок, комплементарный (1796967..1797266).
соответствующей CDS и вырежем и запишем программой seqret в отдельный файл ihfA_gene.fasta).
Поищем гомологов с помощью blastn. Получили файл ihfa_gene_in_pm.blast
| Число находок с Е-value<10 |
23 |
| Характеристика лучшей находки: |
|
| |
E-value находки |
0.13 |
| Название геномной последовательности |
AE006206 |
| выравнивание |
Query: 180 cgttttccagagcgcg 195
||||||||||||||||
Sbjct: 8713 cgttttccagagcgcg 8698
|
| координаты находки в последовательности |
AE006206 |
Как мы видим, blastn дает весьма непригодные результаты - лучший E-value 0.13 - это уже практически и не гомолог. участок выравнивания очень короткий (всего 15 нуклеотидов), в переходе к белкам просто смешно говорить здесь о каких-то гомологах.
Таким образом, мы в очередной раз подтвердили, что blastn совершенно непригоден для поиска гомологов.
|