учебный сайт Вероники Владыкиной

1. Работа с командной строкой Linux

   • команда "ls" показывает все содержимое рабочей папки
   • “ls ..” показывает содержимое папки выше уровнем
   • "cd .." сделала папку уровнем выше рабочей, что стало видно после использования команды ls
   • применим предыдущую команду многократно, поднимаясь всё ближе и ближе к корню. Оказываемся над папкой home. Поскольку дальше команда cd .. не работает, видимо, подниматься выше этого уровня некуда и это и есть корневой каталог.
   • команда pwd, по-видимому, показывает адрес рабочей директории
   • команда cd без параметров возвращает пользователя в домашнюю директорию.
   • команда "cd Term_2/Practices/Pr_5" делает рабочей директорию Pr_5, имеющую данный адрес

2. Создание и просмотр файлов.

   • команда "seqret sw:p00000 -auto" создает файл с последовательностью заданного белка в fasta-формате.
   • команда " entret sw:p00000 -auto"создает файл с информацией о белке из UniProt
   • команда "more" показывает содержимое файла
   • Команда "history" показывает всю историю команд с моей самой первой сессии в Putty
   • Команда more H + клавиша Tab позволили мне выбрать файл, начинающийся на эту букву, не вводя полностью название.
     Также я попробовала этот способ еще в нескольких ситуациях: если на выбранную букву есть 2 файла, причём имеющие одинаковое название, но разнное расширение, то клавиша Tab выведет название, и пользователю останется ввести расширение. А если есть несколько разных файлов на выбранную букву, то выведет названия всех этих файлов.

3. Построение оптимального глобального и оптимального локального выравнивания 2-х последовательностей

   • используя программу needle построим оптимальное глобальное выравнивание для наших белков и сохраним в файл al1.needle, используя команду " needle IHFA_ECOLI.fasta dbh_strgn.fasta al1.needle -auto" (посмотреть файл)
     

     IHFA_ECOLI   1 MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFG     50
                    || .|.::...:.....|:|:|:...|:..|..:...|..||:|:|.|||
     DBH_STRGN    1 MA-NKQDLIAKVAAATELTKKDSAAAVDAVFAAVTEYLSKGEKVQLIGFG     49
     
     IHFA_ECOLI  51 NFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPKDE     99
                          ||::|::..|.||||:||::..|.|.:|..|:.|:.||..|:       
     DBH_STRGN   50 NFEVRERAARKGRNPQTGKETKIAASKVPAFKAGKALKDAVK-------     91
     

   • Файл типа needle содержит в себе информацию о количестве выравниваемых последовательностей, их названии, имени файла, размерах штрафа за открытие гэпа и продолжение его(добавление позиции), длине полученного выравнивания, процент идентичности, процент сходства, процент длины гэпов от длины выравнивания, длину выравнивания, его вес и собственно выравнивание.
   • При увеличении штрафов за гэп в два раза, выравнивание изменилось, но не особо. практически все выравнивание сохранилось кроме ситуации с тремя первыми позициями. Если раньше гэп стоял на третей позиции первого белка, позвояя получить 2 совпадения, то теперь гэп стоит на первой позиции второго белка, уменьшая количество совпадений до 0 на этом участке, но позволяя избежать громадного штрафа. Вес выравнивания уменьшился на 1 (посмотреть файл c измененными штрафами)
     

      
     IHFA_ECOLI         1 MALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFG     50
                           ...|.::...:.....|:|:|:...|:..|..:...|..||:|:|.|||
     DBH_STRGN          1 -MANKQDLIAKVAAATELTKKDSAAAVDAVFAAVTEYLSKGEKVQLIGFG     49
     
     IHFA_ECOLI        51 NFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPKDE     99
                          ||::|::..|.||||:||::..|.|.:|..|:.|:.||..|:       
     DBH_STRGN         50 NFEVRERAARKGRNPQTGKETKIAASKVPAFKAGKALKDAVK-------     91
     

   • аналогичным образом воспользуемся программой water (файл с автонастройками)

      
     IHFA_ECOLI        18 LSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKT     67
                          |:|:|:...|:..|..:...|..||:|:|.|||||::|::..|.||||:|
     DBH_STRGN         17 LTKKDSAAAVDAVFAAVTEYLSKGEKVQLIGFGNFEVRERAARKGRNPQT     66
     
     IHFA_ECOLI        68 GEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVE     92
                          |::..|.|.:|..|:.|:.||..|:
     DBH_STRGN         67 GKETKIAASKVPAFKAGKALKDAVK     91
     
     									

   • при увеличении штрафа для локального выравнивания картина не изменяется (файл с удвоением штрафов)

      
     IHFA_ECOLI        18 LSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKT     67
                          |:|:|:...|:..|..:...|..||:|:|.|||||::|::..|.||||:|
     DBH_STRGN         17 LTKKDSAAAVDAVFAAVTEYLSKGEKVQLIGFGNFEVRERAARKGRNPQT     66
     
     IHFA_ECOLI        68 GEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVE     92
                          |::..|.|.:|..|:.|:.||..|:
     DBH_STRGN         67 GKETKIAASKVPAFKAGKALKDAVK     91
     									
     									

   • при уменьшении штрафа для локального выравнивания помимо по прежнему полностью совпадающего с предыдущими случами выравнивания, появляются еще 17 позиций в начале, которые не входили в прдедыдущие случаи, видимо, из-за наличия в предложенном для них оптимальном выравнивании 3х гэпов. (файл с уменьшенными штрафами)

      
     
     IHFA_ECOLI         1 MALTKAEMSEYLFDKLG----LSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKL     46
                          || .|.:    |..|:.    |:|:|:...|:..|..:...|..||:|:|
     DBH_STRGN          1 MA-NKQD----LIAKVAAATELTKKDSAAAVDAVFAAVTEYLSKGEKVQL     45
     
     IHFA_ECOLI        47 SGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVE     92
                          .|||||::|::..|.||||:||::..|.|.:|..|:.|:.||..|:
     DBH_STRGN         46 IGFGNFEVRERAARKGRNPQTGKETKIAASKVPAFKAGKALKDAVK     91
     
     									

4. Сравнение оптимального глобального и оптимального локального выравнивания 2-х последовательностей

   
   Для сравнения полученных выравниваний ответим на некоторые вопросы:
   • есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности? такой случай единственный. 2 позиции IHFA_ECOLI соответствует 2 позиция другого белка в выравнивании с автонастройками и 1 позиция в выравнивании с удвоенными штрафами.
   • то же при локальном выарвнивании? Отсутствует.
   • есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?Такой случай также единственный: при автонастройках первой позиции IHFA_ECOLI соответствует 1 позиция второго белка, а в измененных настройках – пропуск.
   • ТО же при локальном? Отсутствует.
   • соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей? Да, определенно. учитывая полное совпадение первого и второго выраввнивания и части третьего. Однако участок с первого по 17 остаток IHFA_ECOLI и соответствующий кусок второго белка рассмотрены только в третьем выравнивании.
   • вообще глобальное и локальное выравние идентичны на участке от 18 до 92 остатка IHFA_ECOLI, а отличаются только распределением гэпов

Дополнительные задания: