учебный сайт Вероники Владыкиной

1. Добьёмся полного совпадения заданного фрагмента с участком белка.
   Он соответствует позициям 38–60 в полной последовательности белка IHFA_Ecoli
   

файл с выравниванием
2. теперь попытаемся найти наилучшее выравнивание двух заданных фрагментов а.к. последовательностей
   
   файл с выравниванием
   • исходные длины фрагментов 23 и 24 а.о.
   • Длина выравнивания 27
   • вес выравнивания W=M-nG=13-0*2=13 (M-число совпавших а.о., G - штраф за гэп, равный 2, n - число гэпов в выравнивании)
   • %идентичности=(13/27)*100%=48,15% (равен процентному соотношению числа совпавших остатков к длине выравнивания )
3. Найдём первую с N-конца данного выравнивания "близкородственную" замену а.о.
   • первая близкородственная замена на 17 позиции выравнивания
   • это замена лейцина (L) на валин (V)
   • вес такой замены согласно использованной матрице весов замен равен 1
   • собственно вполне понятная замена – а.о. отличаются ровно на одну метиленовую группу. Они одинаково гидрофобны, имеют схожие структурные формулы.

Дополнительные задания:

1. если считать сходными пары а.о., имеющие положительный вес в матрице замен BLOSSUM62, то: %сходства=(15/27)*100%=55,56% (равен процентному соотношению числа сходных а.о. к длине выравнивания)