Описание пространственной структуры аспартатаминотрансферазы по данным банка PDB

script H:\Term1\CreditWorks\Credit2\1toj.def
select AAT
wireframe 52
color green
select het
wireframe 120
select ala182:A.cb
label ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
colour label white
select LLP258:A.O
label N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE                             
colour label white
select HCI.C3
label HYDROCINNAMIC ACID                                               
colour label white
pause
background white
center LLP
zoom 345
restrict not(Hci)
select AAT
wireframe off
label off
color cpk
define q within(5.0,llp) and AAT
select q
cpk 100
select cont_AAT_LLP
wireframe 40
select llp
label off
wireframe 120
select llp258:a.cb
label LLP
colour label black
select Phe260:A.Cz, Met359:A.CG, Trp140:a.CE3
label%n%r 
select asp222:A.od1, phe228:A.cd2, tyr263:A.cd2                    
label%n%r
select  Asn194:a.od1, tyr225:A.ce2, gly108:a.ca 
label%n%r
select leu112:a.o, ser109:a.c, ala224:a.n, ala261:a.cb
label%n%r
select ser255:a.c,ser257:a.ca, asn259:a.nd2
label%n%r
set fontstroke 1
colour label black
select pro106:a.o, val267:a.o, leu262:a.n 
cpk off
select ser109:a.ca, ser109:a.c, ser109:a.cb, gly107:a.c 
cpk off
select ala224:a.c, phe260:a.ca, phe260:a.c 
cpk off
select asn259:a.cg, tyr256:a.c, tyr256:a.ca, ser255:a.ca
cpk off
select gly108:a.c, trp140:a.cd1, asn194:a.cb, asn194:a.cg
cpk off 
select ser255:a.cb, asp222:a.cg, gly108:a.ca 
cpk off
select ser257:a.c, ser257:a.n,asn259:a.c, asn259:a.ca
cpk off
select asn259:a.nd2, gly107:a.ca, gly107:a.ca 
cpk off 
bond 1635 1899+
bond 1663 1920+
bond 1903 1410+
bond 1922 1931+
bond 1898 1913+
bond 1911 1880+
bond 782 1911+
bond 791 1912+
bond 1912 786+
bond 1942 1922+
bond 1634 1899+
select gly258:a.o, gly107:a.n, gly107:a.o
cpk off 
select trp140:a.ne1, ala224:a.o, tyr263:a.oh, gly110:a.n 
cpk off
select ala263:a.n, gly38:a.o, arg266:a.ne
cpk off
select tyr263:a.o,arg266:a.cz, his189:a.ne2  
cpk off
select  asn259:a.o,phe228:a.ce2,met326:a.sd 
cpk off
select met326:a.ce, tyr256:a.o, asp222:a.cb, ala261:a.cb 
cpk off 
select his189:a.cd2, his143:a.ce1, his143:a.ne2
cpk off 
select ala261:a.ca, ser257:a.ca, ser257:a.cb
cpk off
select leu112:a.cd2, trp140:a.cb, tyr263:a.ce1 
color magenta
select ala224:a.cb, tyr225:a.cz, tyr225:a.cg
color magenta
select tyr263:a.cd1,  tyr263:a.cz, phe228:a.ce1
color magenta
select phe228:a.cd1, phe228:a.cz,asn259:a.cb, trp140:a.cg
color magenta
select tyr225:a.cd1, tyr225:a.cd2, tyr225:a.ce1 
color magenta
select tyr225:a.ce2, met326:a.ce, met359:a.ce
color magenta
select arg266:a
wireframe off
cpk off
pause
restrict (llp, Asn259, 257:a)
select 257:a
label off
select ser257:a.cb
label %N%R
select HOH4
cpk 190
color green
label H2O 4
select Asn259:a
color cpk
bond 1914 3098+
bond 3098 1923+
select LLP
label off
select llp258:a.c6
label LLP258
pause
restrict llp
label off
select llp258:a.o
label N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE 
select Arg266:a
wireframe 40
select Arg266:a.nh2, Arg266:a.nh1
cpk 100
select Arg266:a.cb
label%n%r
select LLP258:a.O2p
label Phosphate group(-)    
select Arg266:a.nh2
label Guanidine group(+)
pause
restrict none 
select LLP
label off
wireframe 120
select LLP258:A.cb
label N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE 
select AA1
wireframe 40
color red
select AA2
wireframe 40
color green
select AA1, AA2
select *.ca and selected
label%n%r

1. Общий вид комплекса AAT-LLP(см.рисунок выше).
2. Изображение, демонстрирующее область контакта белка и лиганда.
3. Изображение, демонстрирующее водяной мостик и ковалентные связи между атомами лиганда и атомами окружающих аминокислотных остатков.
4. Изображение, демонстрирующее электростатическое взаимодействие между фосфатной группой лиганда и гуанидиновой группой остатка аргинина белка.
5. Изображение, на котором видны возможные результаты генно-инженерного эксперимента