ФББ
страница курса биоинформатики

Исследование моего белка

№1

Мой белок TRPC_ECOLI

AC моего белка P00909

Информация о моем белке находится в файле myprotein.txt

№2
Метка поля Содержание
Код(ы) доступа(“Accession number”) AC P00909; P78059; P78234; P94704
Идентификатор записи в БД ID TRPC_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE Tryptophan biosynthesis protein trpCF [Includes: Indole-3-glycerol phosphate synthase (EC 4.1.1.48) (IGPS); N-(5'-phospho- ribosyl)anthranilate isomerase (EC 5.3.1.24) (PRAI)]
Дата создания документа DT 21-JUL-1986, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
Дата последнего исправлении аннотации DT 06-FEB-2007, entry version 77.
Число публикаций, используемых при создании документа RN 10 публикаций
Журнал и год самой поздней записи RL Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006)
Ключевые слова KW 3D-structure; Amino-acid biosynthesis; Aromatic amino acid biosynthesis; Complete proteome; Decarboxylase; Isomerase; Lyase; Multifunctional enzyme; Tryptophan biosynthesis.
Что содержит поле комментариев? CC 1) FUNCTION: 2) CATALYTIC ACTIVITY 3) PATHWAY 4) SUBUNIT 5) SIMILARITY
Идентификаторы записей PDB DR 1JCM; X-ray; P=1-259. 1PII; X-ray; @=1-452.

№3
Запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
Tryptophan biosynthesis protein trpCF 17 10
Indole-3-glycerol phosphate synthase (EC 4.1.1.48) 117 276
N (5' phospho ribosyl)anthranilate isomerase (EC 5.3.1.24) 123 94

Дополнительные задания:

№1
Информация о найденном белке.
Метка поля Белок TRPC_ECOLI Белок TRPC_HAEIN
Первый код доступа AC P00909 P46451
Идентификатор последовательности в БД ID TRPC_ECOLI TRPC_HAEIN
Название (краткое описание) белка DE Tryptophan biosynthesis protein trpCF [Includes: Indole-3-glycerol phosphate synthase (EC 4.1.1.48) (IGPS); N-(5'-phospho- ribosyl)anthranilate isomerase (EC 5.3.1.24) (PRAI)] Tryptophan biosynthesis protein trpCF [Includes: Indole-3-glycerol phosphate synthase (EC 4.1.1.48) (IGPS); N-(5'-phospho- ribosyl)anthranilate isomerase (EC 5.3.1.24) (PRAI)]
Дата создания документа DT 21-JUL-1986, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot 01-NOV-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot
Дата последнего исправления аннотации DT 06-FEB-2007, entry version 77 06-FEB-2007, entry version 48
Название организма OS Escherichia coli Haemophilus influenzae
Классификация организма (список таксонов) OC Enterobacteriaceae; Escherichia Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales;
Длина последовательности FT 452 477
Молекулярная масса белка SQ 49361 MW 53306 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 10 2
Журнал и год самой поздней публикации RL Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006) Science 269:496-512(1995)
Описание вторичной структуры FT (состоит в указании вторичной структуры и участков цепи, где она присутствует) HELIX 4 20 TURN 21 22 HELIX 25 27 TURN 28 28 HELIX 29 31 HELIX 39 42 TURN 43 43 STRAND 45 47 STRAND 49 54 STRAND 56 58 TURN 59 61 HELIX 70 77 TURN 78 80 STRAND 82 87 HELIX 90 93 TURN 97 98 HELIX 99 106 STRAND 111 115 HELIX 120 128 TURN 129 130 STRAND 133 137 TURN 138 140 HELIX 143 153 TURN 154 157 STRAND 159 164 HELIX 167 175 TURN 176 177 STRAND 179 184 TURN 188 191 TURN 195 195 HELIX 196 201 HELIX 203 205 STRAND 207 215 HELIX 220 226 TURN 227 229 STRAND 231 235 HELIX 237 240 TURN 241 241 HELIX 245 252 TURN 253 254 TURN 257 258 HELIX 265 274 TURN 275 275 STRAND 277 282 TURN 285 286 TURN 288 289 HELIX 293 302 STRAND 306 313 HELIX 316 326 TURN 327 327 STRAND 329 333 HELIX 339 348 TURN 351 352 STRAND 353 360 STRAND 362 364 TURN 371 372 STRAND 375 380 HELIX 391 394 TURN 395 396 TURN 400 401 STRAND 402 407 TURN 410 412 HELIX 413 417 TURN 418 419 STRAND 422 426 HELIX 428 430 STRAND 431 433 TURN 434 435 HELIX 439 450 отсутсвует
Ключевые слова KW 3D-structure; Amino-acid biosynthesis; Aromatic amino acid biosynthesis; Complete proteome; Decarboxylase; Isomerase; Lyase; Multifunctional enzyme; Tryptophan biosynthesis. Amino-acid biosynthesis; Aromatic amino acid biosynthesis; Complete proteome; Decarboxylase; Isomerase; Lyase; Multifunctional enzyme; Tryptophan biosynthesis.
Темы, освещённые в комментариях CC 1) FUNCTION 2) CATALYTIC ACTIVITY 3) PATHWAY 4) SUBUNIT 5) SIMILARITY 1) FUNCTION 2) CATALYTIC ACTIVITY 3) PATHWAY 4) SUBUNIT 5) SIMILARITY
Особенности последовательности FT CONFLICT 30 30 Missing (in Ref. 3). CONFLICT 94 94 Q -> R (in Ref. 1 and 3). CONFLICT 284 284 Missing (in Ref. 3). CONFLICT 293 293 V -> D (in Ref. 3). CONFLICT 329 329 A -> V (in Ref. 1 and 3). CONFLICT 398 398 S -> T (in Ref. 1, 3, 4 and 5). отсутствует
Идентификаторы записей PDB DR 1JCM; X-ray; P=1-259; 1PII; X-ray; @=1-452 отсутствует

№2

Во-первых, у них есть схожие участки цепи. Во-вторых, у них одинаковые темы в комментариях. В отличии от моего белка, в найденном белке отсутствуют вторичные структуры. Так же его записи нет в PDB базе данных и у него отсутствуют конфликты в цепи.

№3
Статья, на которую ссылается SwissProt в PubMed о моем белке.

В данной статье говорится о том, что оперон триптофана является основной структурой для изучения метаболизма триптофана. За последние 5 лет, благодаря добвления рекомбинантной ДНК и методикам расшивровки последовательностей, удалось расшивровать элементы в кластере гена на молекулярном уровне.
Скачать протокол работы

На главную страницу

© Кирилл Довгань phoenix-wright@kodomo.fbb.msu.ru