Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
Шестой семестр
Сравнение структур, полученных с помощью obgen и оптимизированных MOPAC
1. Исходная структура построена obgen по файлу porphyrin.smi |  |
2.Оптимизация MOPAC
Cтруктура, построеная спомощью obgen непланарнная. При оптимизации с параметром PM6 все атомы ложатся в однцу плоскость, что, вероятно, более правильно, т.к. структура ароматическая.
 |  |
Аналогичный результат получается при оптимизаци с параметром AM1.
Рассчет возбужденных состояний порфирина
С помощью MOPAC были посчитаны значения энергии электронных переходов для порфирина.
В соответствии с этими значениями были расчитаны длины волн, при которых происходят эти переходы.
Оптимизация 1,4-бензохинона
Структуры бензохинона, построенные obgen и оптимизированные и MOPAC с учетом заряда -2 практически не отличаются.
Тиминовые димеры
1). Энергия оптимизированной системы с зарядом 0 -3273,58 еВ.2). Энергия оптимизированной системы с зарядом +2 -3253,91 еВ,
3). а после этого - с зарядом 0 -3273,70 еВ.
Системы 1,2,3 слева направо.