Основной задачей было определить границы применимости 2-х способов оценки
эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями.
Согласно данной скобочной формуле была создана эволюционная модель
(предыдущий практикум).
Истинные расстояния приведены в таблице.
Затем были созданы файлы с последовательностями с помощью программы в msbar с
нужным количеством мутаций. Названия последовательностей были выбраны согласно
названиям узлов и листьев (
см. предыдущий практикум). С помощью программы distmat
были построены матрица попарных различий и матрица попарных расстояний, вычисленных
по формуле Джукса - Кантора.
Теперь по данным созданных матриц можно построить график.
Из графиков видно, что обе модели предсказывают расстояние между
последовательностями меньше,
чем истинное. Видно, что модель Джукса-Кантора больше соответствует
действительному положению дел. Что касается применимости, модель
Джукса-Кантора опять выигрывает. Область применения метода шире.
При незначительном различии в последовательностях достаточно хорошо
работают оба метода. Что касается более значительных различий - методы
дают довольно большую ошибку. Метод попарных различий при больших различиях
между последовательностями стремится к 75. Ведь если взять абсолютно
разные последовательности, то расстояние между ними по этому методу
будет 75, но не как не больше (это соответствует совпадением случайных
нуклеотидных последовательностей на 0,25). Способ расчета Джукса-Кантора
избежал такую асимптоту.
График и матрицы строились в файле dist.xls
на главную 
