Оценка эволюционных расстояний между "мутантными" последовательностями полученными в предыдущем задании

В качестве истинных растояний бались суммы длин ребер дерева из предыдущего задания (кол-во мутаций на 100 п.н.), т.к. часть мутаций не приводило к замене нуклеотида то критерий правильности рассчета эволюцинного расстояния не совпадение с истинным а пропорциональность (т.е. линейность зависимости рассчитанного от стинного).
Матрицы расстояний:

Попарные расстояния
   1	    2	    3	    4	    5	    6	    7	    8	    9	    10	    11
0.00	 25.15	 29.21	 40.55	 34.24	 47.97	 47.97	 46.74	 49.26	 49.39	 48.81		AAC73234_0 1
        0.00	 43.91	 20.76	 48.16	 57.38	 56.74	 55.51	 34.36	 33.27	 35.40		AAC73234_1 2
                0.00	 52.93	  9.22	 28.95	 29.85	 30.05	 58.87	 58.22	 58.09		AAC73234_2 3
                        0.00	 55.38	 62.48	 61.19	 60.41	 45.39	 17.60	 19.79		AAC73234_3 4
                                0.00	 35.01	 23.40	 23.21	 60.61	 59.64	 59.96		AAC73234_4 5
                                        0.00	 47.52	 47.71	 65.18	 65.25	 65.51		AAC73234_A 6
                                                 0.00	 38.17	 65.18	 64.35	 64.54		AAC73234_B 7
                                                        0.00	 64.15	 64.02	 63.51		AAC73234_C 8
                                                                0.00	 52.03	 51.84		AAC73234_D 9
                                                                        0.00	 33.20		AAC73234_E 10
                                                                                  0.00		AAC73234_F 11

Рассчитанные по методу Джукса – Кантора:
   1	    2	    3	    4	    5	    6	    7	    8	    9	    10	    11
0.00	 30.63	 37.00	 58.36	 45.73	 76.54	 76.54	 73.21	 80.20	 80.58	 78.90		AAC73234_0 1
        0.00	 66.04	 24.31	 77.08	108.64	105.95	101.08	 45.96	 43.97	 47.89		AAC73234_1 2
                0.00	 91.76	  9.84	 36.58	 38.07	 38.39	115.24	112.30	111.73		AAC73234_2 3
                        0.00	100.58	134.24	126.89	122.80	 69.70	 20.06	 22.98		AAC73234_3 4
                                0.00	 47.16	 28.05	 27.77	123.80	118.92	120.51		AAC73234_4 5
                                        0.00	 75.30	 75.83	152.51	153.00	155.01		AAC73234_A 6
                                                0.00	 53.34	152.51	146.36	147.74		AAC73234_B 7
                                                        0.00	145.01	144.13	140.68		AAC73234_C 8
                                                                 0.00	 88.75	 88.12		AAC73234_D 9
                                                                        0.00	 43.85		AAC73234_E 10
                                                                                  0.00		AAC73234_F 11

Таблица эволюционных расстояний
Графики:

Как видно оценка по попарным расстояниям дает гараздо меньшую дисперсию, однако и сущетвено худшие результаты, линейная зависимость наблюдается только примерно до 50 замен на 100 п.н. (несовпадение с "истинными" расстояниями происходит из-за того что часть замен (судя по всему) были полностью синонимичны (т.е. нуклеотид поменялся сам на себя) т.е. собственно замены не было, поэтому "истинность" данных расстояний под сомнением). Оценка по методу Джукса – Кантора дает в целом линейную зависимость на всем диапазоне, но с существенным разбросом значений.