Второй семестр
Работа с программами: GeneDoc, пакет EMBOSS (в UNIX), Clustal, blastp
и с базами данных: Uniprot/SwissProt, InterPro, PFAM, Prosite etc
В течение второго семестра для на были следующие темы:
Общие принципы сравнения последовательностей
1) Поиск по базам данным белковых последовательностей Swiss-Prot, TrEMBL,
UniProt.
2)Поиск в системе SRS .Работа с логическими опнрациями, создние выборки а.к. последовательностей.
3) Выравнивание и цена гэпа. Пути эволюции а.к. последовательностей, выравниване заданных последовательностей вручную.
4) Матрицы замен аминокислотных остатков . Blocks, Blosum и PAM.
Алгоритмы попарного выравнивания
1) Основы UNIX. Пакет прикладных программ EMBOSS.
2)Локальное выравнивание и глобальное.
Алгоритм построения глобального выравнивания Нидельмана-Вунша (Needleman-Wunsch)
и об алгоритм построения локального выравнивания Смита-Ватермана (Smith-Waterman).
3) Парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS .
4) BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных
по гомологии. BLASTP.
Семейства белков. Профили и паттерны.
1)Множественное выравнивание. Clustal. Genedoc.
2) Профили и паттерны.
3) Базы данных, описывающие белковые семейства. Pfam, PROSITE , InterPro
4) PSI-BLAST . Инструмент для быстрого поиска "далеких" гомологов - PSI-BLAST.
В итоге у меня создалось
общее представление о том, что и как можно выяснить о данной аминокислотной последовательности. С помощью различных
пограмм и баз данных можно искать гомологов белка, определять доменную структуру, искать мотивы. Апогеем понимания стало решение зачетной задачи про неизвестный белок Winnie-the-pooh, когда для определения природы предоставленной последовательности пришлось использовать все усвоенные приемы.
Результаты моих работ
Главная страница