Описание свойств оротидин 5'-дегидрогеназы в производных базах данных
Работа с базами данных InterPro, PFAM, Prosite etc
Описание свойств оротидин 5'-дегидрогеназы в производных базах данных
Базы данных InterPro, PFAM, Prosite etc
В базе данных
Prosite собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов и PSSM-профилей.
База данныхPFAM включает 7426 записей с краткой характеристикой разных семейств белковых доменов, включая их множественные выравнивания. Каждый домен в PFAM описан с помощью профиля HMM.
База данных InterProпоявилась в 1999 году и является интегрированным ресурсом белковых семейств,доменов и функциональных сайтов.
Задачи
1. Определить с помощью Prosite все известные мотивы, присутствующие в данной последовательности.
2. C помощью PFAM описать доменную структуру данной последовательностию
3.
a) Определить, на основании каких подписей и из каких баз данных создана данная
запись в InterPro.
b) Определить, к какому числу белков и из каких таксонов относится данная запись.
c) Определить имя и тип записи.
d) Определите, есть ли у данной записи родственные записи (отношения parent/child,
found in/contains)
Главная страница