Поиск мотивов в последовательности PYRF_ECOLI с помощью средств PROSITE


Работа с базой данных PROSITE


В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов и PSSM-профилей. С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 5 известных мотивов в последовательности PYRF_ECOLI.


Идентификатор паттерна(accession number) Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом Паттерн (регулярное выражение)Число мотивов, обнаруженных в моем белке
PS00001*PDOC00001:сайт N-гликозилирования N-{P}-[ST]-{P}1
PS00005*PDOC00005 сайт фосфорилирования С-киназой [ST]-x-[RK]3
PS00006*PDOC00006 сайт фосфорилирования казеиновой киназой 2 [ST]-x(2)-[DE].3
PS00008*PDOC00008 сайт N-миристоилирования G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}.2
PS00156 PDOC00141активный сайт оротидин 5’-декарбоксилазы [LIVMFTAR]-[LIVMF]-x-D-x-K-x(2)-D-[IV]-[ADGP]-x-T-[CLIVMNTA]1
Звездочкой помечены часто встречающиеся последовательности.
Паттерну [LIVMFTAR]-[LIVMF]-x-D-x-K-x(2)-D-[IV]-[ADGP]-x-T-[CLIVMNTA] соответствует последовательность VVFDMKIMDIDPTV

Главная страница