Занятие 3. Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Создание индексных файлов для программ пакета BLAST

Salmonella typhimurium, Xanthomonas campestris, Pasteurella multocida

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Поиск гомологов TIG_ECOLI		Геном Xanthomonas campestris
Число находок с Е-value<0,001		1
Характеристика лучшей находки:		>AE012195 AE008922 \|AE012195\| Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913, section 103 of 460 of the complete genome. Length = 10083
	E-value находки	4e-60
	AC соответствующей записи EMBL	AE012195
	координаты выравнивания в записи EMBL	3079-4278
	Координаты CDS в записи EMBL	3079..4371
	AC UniProt в записи EMBL	Q8PBY7
		Геномы Salmonella typhimurium, Xanthomonas campestris, Pasteurella multocida
	E-value лучшей находки	1e-59
Общее число находок с Е-value<0,001		4
AC соответствующей записи EMBL		AE008716
координаты выравнивания(-ий) в записи генома		9820-11115

При сравнении e-value находок можно заметить, что e-value двух первых белков довольно сильно отличаются (1-го 4e-60, а 2-го 0.002).Я думаю это достаточные основания считать этот белок гомологом TIG_ECOLI. При поиске по всем геномам отличие e-value лучшей находки меняется от 4e-60 до 1e-59, это говорит о том, что программа находит гомологов с довольно высокой точностью даже при увеличении или уменьшении базы данных.

Поиск одновременно по нескольким геномам дал следующие результаты

см.здесь

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

 >Из xanthomonas первым стоит AE012505, выравнивание которого приведено выше
AE008922 |AE012418| Xanthomonas campestris pv. campestris
             str. ATCC 33913,  section 326 of 460 of the complete
             genome.
           Length = 10118

  Score = 32.2 bits (16), Expect = 1.0
 Identities = 16/16 (100%)
  Strand = Plus / Minusv

                            
 Query: 194  acgttctgggtgacct 209
            ||||||||||||||||
 Sbjct: 1915 acgttctgggtgacct 1900

AE008716 в этом случае также стоит на первом месте, но его e-value ухудшилось сильно.AE012195 вообще в списке отсутствует. Из xanthomonas первым стоит AE008922 (выравниванеи выше)

Головастова Марина