Учебный сайт
Главная Семестры Проекты Обо мне

Эта страница посвящена работе с базой данных UniProt.

Таблица с описанием белка BCCP_ECOLI по данным файла

  Метка поля Содержание
Коды доступа ("Accession number") AC P0ABD8; P02905; Q2M8W0
Идентификатор записи в БД ID BCCP_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase; Short=BCCP;
Дата создания документа DT 21-JUL-1986
Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008
Число публикаций, использованных при создании документа RN 13
Журнал и год самой поздней публикации RL Biochemistry 38:5045-5053(1999)
Ключевые слова KW 3D-structure; Biotin; Complete proteome; Direct protein sequencing; Fatty acid biosynthesis; Lipid synthesis
Что содержит поле комментариев? CC ФУНКЦИЯ: белок является компонентом ацетилКофермента А в комплексе карбоксилазы; сначала биотинкарбоксилаза катализирует карбоксилизацию несущего белка, затем транскарбоксилаза переносит карбоксильную группу, чтобы сформировать малонилКоА.
НАПРАВЛЕНИЕ: метаболизм липидов; биосинтез жирных кислот.
ПОДГРУППА: гомодимер.
СХОДСТВО: содержит 1-биотинилсвязывающий домен.
Идентификаторы записей PDB DR 1A6X; 1BDO; 1K67

Мутация по какому аминокислотному остатку может ухудшить связывание данного белка с биотином?
--- В поле FT связывание (binding) белка с биотином происходит по 122 аминокислоте - лизину. Следовательно, мутация лизина может ухудшить связывание.

При попытке найти схожие с BCCP_ECOLI белки в базе данных UniProt были получены следующие результаты:

Запрос Число записей в SwissProt Записи в SwissProt, содержащие данные о 3D-структуре (их AC) Число записей в TrEMBL
biotin AND carboxyl AND carrier AND protein AND "acetyl coa" AND carboxylase 597 P24182; Q00955; O00763; P0A9Q5; P0ABD5; P37798; Q6GG07 1154
BCCP 579 P02904; P0ABD5; P0A9Q5; Q6GG07 1404
gene:accb 17 O00763 469

Среди записей о белках, похожих по характеристикам на BCCP_ECOLI, была выбрана запись с AC=P49786 для подробного сравнения с BCCP_ECOLI. Сравнение приведено в таблице.

Сравнение 2х белков со схожими характеристиками
  Метка поля BCCP_ECOLI BCCP_BACSU
Первый код доступа AC P0ABD8 P49786
Идентификатор последовательности в БД ID BCCP_ECOLI BCCP_BACSU
Название (краткое описание) белка DE Full=Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase; Short=BCCP; Full=Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase; Short=BCCP;
Дата создания документа DT 21-JUL-1986 01-OCT-1996
Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008 25-NOV-2008
Название организма OS Escherichia coli Bacillus subtilis
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus.
Длина последовательности ID 156 159
Молекулярная масса белка SQ 16687 17229
Число публикаций, использованных при создании документа RN 13 4
Журнал и год самой поздней публикации RL Biochemistry 38:5045-5053(1999) Submitted (SEP-1995) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases
Описание вторичной структуры FT В последовательности содержатся участки-стрэнды: 80-84; 86-96; 114-120; 123-128; 133-138; 151-155 ---
Ключевые слова KW 3D-structure; Biotin; Complete proteome; Direct protein sequencing; Fatty acid biosynthesis; Lipid synthesis. Biotin; Complete proteome; Fatty acid biosynthesis; Lipid synthesis.
Темы, освещённые в комментариях CC ФУНКЦИЯ: белок является компонентом ацетилКофермента А в комплексе карбоксилазы; сначала биотинкарбоксилаза катализирует карбоксилизацию несущего белка, затем транскарбоксилаза переносит карбоксильную группу, чтобы сформировать малонилКоА.
НАПРАВЛЕНИЕ: метаболизм липидов; биосинтез жирных кислот
ПОДГРУППА: гомодимер
СХОДСТВО: содержит 1-биотинилсвязывающий домен
ФУНКЦИЯ: белок является компонентом ацетилКофермента А в комплексе карбоксилазы; сначала биотинкарбоксилаза катализирует карбоксилизацию несущего белка, затем транскарбоксилаза переносит карбоксильную группу, чтобы сформировать малонилКоА.
НАПРАВЛЕНИЕ: метаболизм липидов; биосинтез жирных кислот
ПОДГРУППА: гомодимер(по сходству)
СХОДСТВО: содержит 1-биотинилсвязывающий домен
Особенности последовательности FT Белок состоит из 1 цепи(156 а.к. остатков). Домен находится на участке с 81 по 155 а.к. Связывание белка и биотина на 122 а.к. В разных записях о белке могут не совпадать данные о 113 а.к.(D-->N) Белок состоит из 1 цепи(159 а.к. остатков). Домен находится на участке с 82 по 156 а.к. Связывание белка и биотина на 123 а.к. В разных записях о белке могут не совпадать данные о 64-65 а.к.(AQ-->GE) и о 126 а.к.(N-->I)
Идентификаторы записей PDB DR 1A6X; 1BDO; 1K67 ---
Описания двух белков оказались очень похожи. Возник вопрос, с чем может быть связано такое сходство в функции, названии и отношениях с биотином. Ведь в таксономии их объединяет только общее царство бактерий.

© Яшина 2009