|
||||
|
|
1 Оптимизированная структура этана представлена в виде z-матрицы в файле et.inp, причем вместо значений длин и углов связей стоят переменные. С помощью скрипта make_b.bash был создан 21 файл с разными значениями по длине одной из связей (а именно С-С, шаг при изменении длины связи равен 0.02 ангстрема). Для этих файлов был запущен рассчет с помощью Gamess, и из полученных log файлов были извлечены значения энергии и соответствующие длины связей. Результат сохранен в файле bond. Зависимость энергии молекулы от длины одной связи была построена в gnuplot: зависимость представлена функцией f(x)=a+k(x-b)^2, коэфиициенты в которой после подгонки оказались равны Final set of parameters Asymptotic Standard Error ======================= ========================== a = -79.7652 +/- 0.0004522 (0.000567%) k = 0.563608 +/- 0.02335 (4.142%) b = 1.55432 +/- 0.002455 (0.1579%)График функции:  2 Аналогичные операции были проделаны для валентного угла HCH, значения которого были изменены в диапазоне от 109.2 до 113.2, с помощью скрипта make_a.bash. Значения энергий и соответствующих углов сохранены в файле angle; коэффициенты для зависимости энергии от величины угла: Final set of parameters Asymptotic Standard Error ======================= ========================== a = -79.7647 +/- 1.21e-08 (1.517e-08%) k = 3.56076e-05 +/- 6.229e-09 (0.01749%) b = 111.38 +/- 9.954e-05 (8.937e-05%)График зависимости:  3 Аналогично были изменены значения торсионного угла d3 в диапазоне от -180 до 180 c шагом 12 с помощью скрипта make_d.bash. Значения энергий и соответствующих углов сохранены в файле dihedral. Изображение зависимости:  У функции 4 минимума при значениях угла, равных -180 (=180), -60, 60. Зависимость имеет периодический характер. |
© Яшина 2009