с наложенным изображением
спирали и бета-тяжа в одной из них (A)
Мой белок состоит из двух идентичных цепей, поэтому я рассмотрю только одну из них. Самой длинной альфа-спиралью является первая (helix1 8-28)
Значения торсионных углов для альфа-спирали1 можно найти на странице
Торсионные углы.
Значения торсионных углов
фи:среднее -61.8, максимальное 57.4,минимальное -118.
пси: среднее -25.7, максимальное 168.7, минимальное -54.2
Структура спирали удерживается 17 водородными связями В данном случае водородные связи были только между атомами азота и кислорода, а пар кислород-кислород или азот-азот не было. Контакты спирали с остальной частью молекулы распределены довольно неравномерно, спираль будто "утопает" в молекуле, как будто цилиндр (спираль), находящийся в цилиндре большего размера (часть молекулы).
| Имя атома остатка спирали | Имя контактирующего атома | Расстояние (Ангстрем) | Предположительная природа контакта |
| ARG18A.CA | MET55A.SD | 4.346 | Гидрофобное взаимодействие |
| GLN11A.OE | THR7A.N | 2.730 | Водородная связь |
| PHE27A.O | PRO29A.N | 3.726 | Водородная связь |
| LYS28A.O | PRO29A.O | 3.626 | Водородная сязь |
|
|
|
| Cтруктура цепей А и B с наложенным изображением спирали и бета-тяжа в одной из них (A) |
Водородные связи в спирали | |
|
|
|
|
|
|