Первый семестр

Торсионные углы

(на оси абсцисс углы пси, на оси ординат - фи)

Угол пси - между N-C(A), угол фи - между C(A)-C(O) связями. Значение этих углов определяет положение белка в пространстве. Карты Рамачандрана показывают наиболее энергетически выгодное состояние белка, оптимальное значение этих двугранных углов.

Карта Рамачандрана для всего белка



Общая карта Рамачандрана не очень отличается от такой же, только без глицина и пролина. Большая часть торсионных углов имеет значение торсионных углов в районе от 10 до -50 и от 100 до 170 (фи) и от -30 до -150 (пси)

Карты Рамачандрана для различных аминокислот.



Значение торсионных углов пси у пролина строго отрицательно, а значениеуглов пси варьируется от -40 до 180 Глицин очень интересен тем, что значения его торсионных углов распределены по всему полю,поэтому он скорее всего находится в местах поворота полипептидной цепи.

Карта Рамачандрана для элементов вторичной структуры белка



Значения двугранных углов для альфа-спирали расположены довольно скученно в третьей четверти координатной плоскости, однако значения встречаются и в первой и во второй координатных плоскостях. Т.е. можно заметить, что для альфа-спиралей характерно отрицательное зачение углов фи и пси. Карта Рамачандрана для бета-структур довольна мала, отчасти из-за небольших размеров исследуемых тяжей. Но она очень интересна тем, что значения расположенны предельно скученно во второй четверти координатной плоскости.Т.е. для бета тяжей характерно отрицательное значение углов пси и положительное значение углов фи.

©MARIA KUZNETSOVA,2007