Мотивы в белке P13000, описанные в БД Prosite.

Результаты поиска мотивов в белке P13000 (по данным БД PROSITE)

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site (сайт фосфорилирования протеин киназой C)	паттерн	[ST]-x-[RK]	неспецифична	3
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II phosphorylation site (сайт фосфорилирования казеин киназой 2)	паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	неспецифична	6
PS00008	MYRISTYL	N-myristoylation site (сайт N-миристоилирования)	паттерн	`G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}`	неспецифична	3
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	N-glycosylation site (сайт N-гликозилирования)	паттерн	N-{P}-[ST]-{P}	неспецифична	1
PS00009	AMIDATION	Amidation site (сайт амидированния)	паттерн	x - G - [RK] - [RK]	неспецифична	1

Комментарий к таблице

В последовательности белка BIOD_ECOLI был проведен поиск мотивов, описанных в PROSITE, в том числе неспецифичных (часто встречающихся). По результатам поиска была составлена вышележащая таблица. Поиск проводился так: открыть главную страничку PROSITE, ввести в нужное окошко AC белка BIOD_ECOLI, нажать кнопку "Quick Scan" при выключенном чекбоксе "Exclude patterns with a high probability of occurrence" (если в нем стоит галочка, то будут выданы только "специфичные" мотивы - те, которые отвечают семействам белков, в противном случае будут выданы также "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы).Когда я оставлял галочку не было найдено ниодного белка,что говорит о том, что поиск специфичные остатки в том и другом случае находятся одинаковые.
В последовательности моего белка были найдены только неспецефические мотивы, отвечающие тем участкам в белке, которые модифицируются или могли бы модифицироваться другими белками. Вероятно это связано с тем, что сайты, ответственные за осуществление регуляции активности фермента, более консервативны или просты, чем участки из активного центра. Можно так же предположить, что если идентификатор документа PROSITE (AC) имеет маленький номер,то мотив, им обладающий, будет довольно частым и не спецыфичным. К тому же протеинкиназы C в прокариотической клетке ни как не может быть, поэтому можно опять же предположить, что среди неспецифичных поледовательностей могут попасться те, которые, на самом деле, бессмысленны для нашего белкаОдни и те же неспецифичные подписи встречаются в белках,выполняющих самые разные функции. Таким образом,наличие неспецифичной подписи в белке само по себе никак не характериует функции белка.Хотя,наверное,наличие одной и той же подписи,повторяющейся в белке много раз,может характеризовать его свойства(и при этом быть неспецифичной).

Итересно подметить, что мотивы для белков разных студентов очень похожи и очень мало найдено спецыфичных мотивов для разных белков(белки-то из очень хорошо изученной E.Coli), что говорит о малой пригодности базы для поиска спечифициных последовавтельностей.Видимо база недостаточно(совсем) не обширна и не разработанна.