Размер окна |
Порог на суммарный вес |
Результаты |
10
|
23
|
Первая карта была построена при стандартных условиях, в результате мы получили выравнивание
последовательности, чтобы ее вес был не менее 23, а размер окна 10, то есть программа выравние
проводилось по участкам в 10 аминокислот.
Так же мы можем глядя на карту сказать, где расопложены совпадающие последовательности.
|
3
|
23
|
В результате мы ничего не получили, по-видимому, программа искала таким образом,
чтобы порог счета за выравнивание по трем аминокислотам составлял не менее 23,
а такого не могло быть, так как за суммарное совпадение давали меньше, для проверки этого предположения
следует провести поиск с меньшим значением порога.
|
3
|
15
|
При данном значении порога программа вновь показывает выравнивание, поэтому сделанное предположение,
по-видимому, верно, то есть мы видим участоки маинокислотных последовательностей,
которые совпадают по тройкам, при которых значение Score для каждой тройки больше 15.
|
22
|
23
|
В данном случае мы сделали размер окна 22 и искали по последовательности такие участки,
где счет более 23, программа выдала нам 2 участка по 22 аминокислоты, при этом мы знаем,
что в этих участках всего по 11 совпадающих аминокислот, но так как размер окна 22,
то нам и показывают весь участок в 22 аминокислоты.
|
23
|
23
|
Мы зашли за порог окна на экране, но программа продолжает показывать линии.
|
29
|
23
|
Это значение, начиная с которого программа выдает непонятную картину, которая к делу не относится.
|
12
|
50
|
Данные значения выбраны не случайно,
12 - число аминокислот полностью совпадающих,при этом мы видим два выравнивания.
|