Описание свойств BFR_ECOLI в производных базах данных
Что из себя представляют и чем отличаются друг от друга базы данных PROSITE, Pfam, InterPro. Что было задано найти в этих базах данных.
  Prosite - это база данных, в которой производится поиск мотивов на основе паттернов, профилей (построенных на основе матриц PSSM), а также по правилам.
  Pfam является базой данных, основанной на профиле HMM и применяется при поиске структурных и функциональных доменов в последовательностях белков. База данный Pfam является более современной по сравнению с ProSite.
  InterPro - это объединение баз данных Pfam и Prosite, которая содержит информацию о доменах, семействах и функциональных сайтах, полученных из мотивов уже изученных белков.

Задание:

  1. Найти известные мотивы в последовательности BFR_ECOLI, используя Prosite.

  2. Составить последовательность, удовлетворяющую одному из паттернов.

  3. Найти домены в BFR_ECOLI при помощи Pfam, описать их.

  4. Изучить свойства первой записи, полученной с помощью InterPro, при поиске доменов в белке.

НА ГЛАВНУЮ