+------F +100.0-| +100.0-| +------E | | +------| +-------------D | | | | +------A | +-------100.0-| | +------B | +---------------------------CБутстреп-значения:
Set (species in order) How many times out of 100.00 .***.. 100.00 ....** 100.00 .**... 100.00Полученное дерево полностью топологически совпадает с исходным, но является бескорневым. Таким образом, воспользовавшись одним из методов "контроля" в филогенетике - методом бутстреп-анализа, мы получили практически 100% подтверждение достоверности и разумности построенного дерева. Такие высокие бутстреп-значения получились потому, что исследованию подверглись искуственно созданные мутантные последовательности одного и того же гена. Данный метод основан на случайной замене колонок выравнивания поледовательностей (в данном опыте замена была проведена 100 раз), и в итоге получается выравнивание той же длины, но со случайным расположением колонок. Одна и та же колонка может встретиться как несколько раз, так и ни одного раза в полученном выравнивании.
Дерево, построенное по данной скобочной формуле исходного дерева, не отличается от деревьев, построенных во всех предыдущих заданиях по расположению ветвей и листьев, но при этом является бескорневым. Таким образом программа не очень удобна потому, что строит бескорневые деревья. |
+-------------D +100.0-| | | +------F | +100.0-| +------| +------E | | | | +------A | +-------100.0-| | +------B | +---------------------------CДанный метод "контроля" называется jackknife. Принцип его работы состоит в том, что каждое выравнивание делится пополам, выбирается случайным образом половина колонок, но без повторений, а далее проверяется, воспроизводится дерево или нет. Топологически полученное этим методом консенсусное дерево не отличается от дерева, построенного бутсреп-методом. Единственное отличие состоит в положении внутренней ветви, разделяющейся на внешние ветви с листьями D и E, F (внутренняя ветвь разветвляется ближе к ветви с листом D). Но это отличие вероятно не имеет принципиального значения, поскольку полученный файл fdnaml_j.fconsense в остальном абсолютно идентичен аналогичному для бустреп-анализа.
,----------------------------------------4:E ,-------------------------------10 ! `----------------------------------5:F ! -11 ,-------------------------6:A ! ,-----------------7 ! ,---------------------8 `-------------------------1:B ! ! ! `--9 `------------------------------------------------2:C ! `---------------------------------------------3:DДерево изображено в виде прямоугольной филограммы: длины ветвей пропорциональны эволюционным расстояниям (одна из особенностей алгоритма Neighbor-joining).