ЧЕТВЕРТЫЙ СЕМЕСТР

на главную страницу


:НАВИГАЦИОННОЕ МЕНЮ



Классификация функций. Коды ферментов.


1. Значение заданного кода фермента

Заданный код фермента: 2.1.1.63

На главной странице сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY) был выбран раздел, посвященный химической номенклатуре, далее я перешел на страницу совместной комиссии IUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре (JCBN). На открывшейся странице была найдена ссылка на номенклатуру ферментов. была составлена следующая табличка

быстрые ссылки: 
http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/jcbn/index.html#5
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/EC2/0101b.html

Код

Расшифровка (eng)

Расшифровка (rus)


EC 2

Тransferases

Трансферазы


EC 2.1

Transferring one-carbon groups

Переносчики одно-углеодной группы


EC 2.1.1

Methyltransferases

Метилтрансферазы


EC 2.1.1.63

methylated-DNA—[protein]-cysteine S-methyltransferase

Метилированная-ДНК-[белок]-цистеин S-трансфераза

Собственно получили табличку. Возможно, мое рассуждение покажется грубым, но получилось нечто вроде связей "is a"
NEW! Я не берусь утверждать это как факт, но, по моему мнению, все термины в таблице, идя снизу вверх, связаны связью is_a. Например Переносчики одно-углеодной группы это Трансферазы, а Метилтрансферазы это Переносчики одно-углеодной группы и так далее. Но, опять же, это лишь мое примечание.

  NEW! Определения термина трансферазы:

Определение составлено по следующим источникам.
Источники Большой Энциклопедический словарь; ChemPort.Ru, MMII-MMVII; Словарь биотехнологических терминов; Большая Советская Энциклопедия.
Ссылки http://dic.academic.ru/dic.nsf/enc3p/296258
http://www.chemport.ru/chemical_encyclopedia_article_3825.html
http://www.dictionary.cbio.ru/termin.php?id=1061
http://www.oval.ru/enc/73229.html

Определение ТРАНСФЕРАЗЫ - класс ферментов, катализирующих реакции переноса групп атомов от молекулы одного вещества (донор) на молекулу другого (акцептор). Играют ведущую роль в промежуточном обмене веществ. Посредством трансфераз в живых клетках осуществляются процессы алкилирования, фосфорилирования, биосинтеза белков, нуклеиновых кислот и др. разделение на подклассы – в зависимости от структуры переносимой группы; известно около 450 трансфераз. Они широко распространены в расти тельных и животных тканях, а также в микроорганизмах. 

2.Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

C помощью SRS по заданному коду были найдены в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.
Использовался следующий запрос: 

 ([uniprot-ECNumber:2.1.1.63] & (([uniprot-ID:*_ECOLI*] | [uniprot-ID:*_HUMAN*]) | [uniprot-ID:*_METJA*])) 

Было найдено 6 записей, подробные данные в табличке ниже:

 
 
UniProt ID
UniProt AC
Имя гена
Первый домен
Второй домен
Третий домен  
Идентификатор Pfam
 Положение в последовательности
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
1 ADA_ECOLI P06134 Q47032 ADA PF00165 136-182  PF02805 10-75 PF02870 188-266
2 MGMT_HUMAN P16455 MGMT PF02870 6-90        
3 OGT_ECOLI P0AFH0 P09168 P78284 OGT PF02870 3-84        
4 OGT_METJA Q58924 OGT Нет Pfam-доменов ---        

"Совпавшие" домены (идентификаторы) в табличке выделены цветом
Почему табличка выглядит именно так:
Из 6 находок в табличку были включены лишь 4, так как 2 из 6 находок не имеют имени гена, это:
A2UD93_ECOLI
A2UG15_ECOLI  
Затем была использована встроенную в SRS программа: в меню Launch analysis tool была выбрана программа NeedleP , были указаны координаты конца и начала доменов в последовательностях. http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+batchJobStatus+-id+1oCku1UctsU

Поскольку выравниваний всего 3, то позволю себе оформить данные таким образом.

выравнивание 1 
процент совпадения - 19,5%

выравнивание 2 
процент совпадения - 5,5%

выравнивание 3 
процент совпадения - 0,6%

Я несколько раз перепроверял все выравнивания, а также все таблички. В итоге пришел к выводу, что в столь плохих процентах совпадения "виноват" белок OGT_ECOLI, так как другие 2 белка имеют при выравнивании между собой вполне сносный процент совпадения - 19,5%, учитывая разницу между человеком и e.coli. В то же время, OGT_ECOLI имеет с ними с обоими очень низкий процент совпадения (последовательности совсем разные). Похоже на очередную ошибку в базе данных.

 

 


© Бирюков