Глобальное выравнивание.

Выравниванию подлежат последовательность, состоящая из первых четырех аминокислотных остатков белка DAPB_ECOLI ( M H D A ), и последовательность, созданная из раннее приведенной ( M P V D T).

Общая формула данного алгоритма

P_i,j = max(P_i,j-1 + g; P_i-1,j + g; P_i-1,j-1 + S_{m, n})
где P_i,j - вес ячейки,
g - штраф за гэп;
S_{m, n} - вес замены остатка m на n.

Локальное выравнивание.

Данному выравниванию ставится в соответствие формула:

P_i,j=max(P_i,j-1+g;P_i-1,j+g;P_i-1,j-1+S(m;n); 0),
где P_i,j - вес конкретной ячейки;
g - штраф за гэп;
S(x;z) - вес замены m на n.

Локальное выравнивание не получилось.