МОДЕЛИРОВАНИЕ
ЭВОЛЮЦИИ ГЕНА
1. Создание изображения дерева, описанного заданной мне формулой.
Модель судьбы моего гена описана в виде скобочной формулы
здесь. Расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.
Скобочная
формула представленна в виде: ((((А:50,В:50):30,С:70):5,D:80):35,(Е:45,F:45):65);
* при выполнении задания
использовался пакет Macromedia Flash MX
2. Описание ветвей дерева как разбиений множества листьев (считая дерево бескорневым)
Если представить себе
дерево неукорененным, составим
нижеследующую табличку, описывающую
разбиения, столбцы которой соответствуют листьям дерева, а строки — ветвям дерева.:
* для контроля предполагается
"прочтение" изображения вверху
слева направо снизу вверх (не забывая, что
мы полагаем дерево неукорененным)
A
B C D E F
. * * * * *
* . * * * *
* * . * * *
* * * . * *
* * * * . *
* * * * * .
. . * * * *
. . . * * *
. . . . * *
Поскольку ветвь, отделяющая один (любой!) лист от всех остальных, есть в любом дереве, описание таких ветвей не несёт полезной информации. Поэтому
я выделил
цветом
описания ветвей, реально несущие
смысловую нагрузку; таким образом, правильное описание топологии приведённого дерева состоит всего из трёх строк, отвечающих трём внутренним ветвям
3. Получение искуственных мутантных последовательности, соответствующих листьям и узлам дерева, считая, что в корне находится последовательность гена белка
dapb_ecoli.
Длина гена белка dapb - 1281
нуклеотид (для контроля заранее известно,
что длина его АК-последовательности 273 АКО,
тогда при умножении на 3 получаем 819
нуклеотидов - делаем вывод о том, что
двольно большая часть нетранслируется,
сам файл можно посмотреть, выполнив
команду entret embl:M10611 -auto).
Формула для пересчёта расстояний в число мутаций в гене
dapb:
N = (L/100)*1281, L - длина ветки. N -
число мутаций
Текст скрипта, которым получаются мутантные последовательности:
msbar dapb.fasta f.fasta -point 4 -count 764 -auto
msbar nikr.fasta abcde.fasta -point 4 -count 328 -auto
msbar abcde.fasta abcd.fasta -point 4 -count 53 -auto
msbar abcde.fasta e.fasta -point 4 -count 359 -auto
msbar abcd.fasta ab.fasta -point 4 -count 129 -auto
msbar abcd.fasta cd.fasta -point 4 -count 114 -auto
msbar ab.fasta a.fasta -point 4 -count 252 -auto
msbar ab.fasta b.fasta -point 4 -count 252 -auto
msbar cd.fasta c.fasta -point 4 -count 267 -auto
msbar cd.fasta d.fasta -point 4 -count 267 -auto
|