Доменная структура белка AMPA_ECOLI.

Доменная структура.

Полная доменная структура:

Положение в 3D структуре домена Peptidase_M17_N:

Положение в 3D структуре структура домена Peptidase_M17

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности AMPA_Ecoli
PF02789	1lap	Гидролаза	164-477; 5-137
PF00883	1gyt	Гидролаза	184-491;19-147

Данный домен относится к металлпротеазам, самому обширному типу протеаз, с более чем 30 семействами. В этих ферментах катион, чаще всего цинк, актвирует молекулу воды. Ион металла удерживается как кправило тремя аминокислотами (His, Glu, Asp или Lys), и еще один аминокислотный остаток необходим как катализатор. Половина из металлпротеаз содержат мотив HEXXH.
В группу металлпопетидаз входит семейство М17 MEROPS пептидаз.
Аминопептидазы регулируют процессы, связанные с внутриклеточными белками, хотя их роль в клеточном метаболизме неясна.
Ферменты из данного семейства существуют в виде гексамеров - 2 тримеры, расположенные друг под другом. Каждый мономер содержит 2 иона цинка и сворачивается в 2 альфа/бета квази-сферические глобулярных домена.
Всего белков с таким доменом - 357.

Таксон		Количество белков с доменом PF02789
Эукариоты	Растения	0
	Грибы	4
	Животные	29
Бактерии		307
Археи		2

При просмотре доменной архитектуры, которых найдено 3 штуки, можно заметить, что у большинства (354) белков - сочетание с данного домен с родсвенным Peptidase_M17. В 2х белках - только этот домен, а в одном - сочетание с фрагментом домена Peptidase_M17 и DNA_pol3_chi. Таким образом, данный домен нигде не дублируется и не переставляется.