На главную страницу второго семестра

Программы построения выравниваний.

В данном задании было предложено выравнить посредством программ needle и water из пакета EMBOSS последовательности белка AMPA_ECOLI , гомологичного ему белка из организма Yersinia pestis и последовательности, созданнной из отрывков первой.

1. Используя команды needle и water, выравнила последовательности белка AMPA_ECOLI и гомологичного ему белка, получила результаты в соответсвующих нижепреведенных файлах. При их сравнение они оказалась идентичными - 91,5%, как в одном, так и вдругом случае.
   1to2.needle 1to2.water
2. Далее, используя те же команды, сделала выравнивание последовательности белка AMPA_ECOLI и третьей последовательности. В результате выполнения команды needle, получился малый процент идентичности - 6,4%, а при выполнении команды water - 45,9%. Это объясняется тем, что во втором случае, программа нашла консервативные участки и выравнивала по ним, а не по всему белку. Такая же процедура была проведена в команде matcher. В итоге были получены 3 наиболее удачные версии выравнивания с идентичностью соответсвенно 95,5%, 100%, 88,9%.Так что в таком случае, третий алгоритм оказывается более эффективным при поиске консервативных функционально важных участков. 1to3.needle" 1to3.water 1to3.matcher
3. Следующим пунктом было выравнивание первой и третей последовательности через команду needle при разных значениях штрафа за гэп. Чем большее значение штрафа за открытие гэпа выставлялось, тем меньший процент идентичности получался. Так для значения 10 он составил 4,9%, 5 - 5,5%, 1 - 6,5%. 1to3_10_1.needle 1to3_5_1.needle 1to3_1_1.needle
4. Последние задание заключалось в создание карты локального сходства для первой и последней последовательностей. При создании этих файлов, изменялись различные параметры. Так изменение размера окна с 10 на 20 демонстрирует файл dotmatcher1.ps При этом карта малочитабельна, т.к. некоторые линии друг на друга накладываются. Это возникает в результате того, что берется слишком большой фрагмент белка.Изменение того же параметра на значение 5 отображает файл dotmatcher2.ps. Как видите, все линии становятся по диагонали что делает карту малопродуктивной, по причине, обратной предыдущей. При изменении параметра минимального веса с 23 на 10 получается dotmatcher3.ps. Как видите, такое значение так же весьма неудобно, т.к. и не очень удачные выравнивани так же отображаются. Результат изменения этой же опции на 30 даст нам следующий результат: dotmatcher4.ps, на котором просто ничего не видно. При установлении стандартных значений получается следующий файл:dotmatcher.ps