На главную страницу второго семестра Работа с PSI-Blastом.

Поиск гомологов фактора инициации трансляции IF1AY_HUMAN , транскрибируемого с Y хромосомы человека с помощью стандартной процедуры BLAST

Таблица 1. Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTP

Эукариоты	Археи	Бактерии
12	20	9

Итеративный поиск "далеких" гомологов белка IF1AY_HUMAN

Таблица 2. Результаты поиска гомологов с помощью программы PSI-BLAST

№ итерации Эукариоты Археи Бактерии E-value IF1A_PYRAB

Количество Новые Количество Новые Количество Новые

1 11 10 23 20 10 0 7e-08

2 19 "-" 25 "-" — — 5e-34

Новые:
"+" означает, что на данной итерации появились новые гомологи,
"-"означает, что на данной итерации новых гомологов не появилось

Комментарии к таблице 2:

Вторая строка для бактерий не заполнена, так как не было найдено новых гомологов, то есть гомологов с e-value ниже 0,005, то есть не был построен профиль на основе новых гомологов, по которому по умолчанию и производится поиск гомологов в новой итерации.

Описание наблюдений

Первая итерация PSI-BLAST - обычный поиск BLASTP.

PSI-BLAST используют для поиска "далёких" гомологов.

E-value для IF1A_PYRAB при разных итерациях PSI-BLAST уменьшается (7e-08 против 5e-34), так как профиль при второй итерации строится на основе новых гомологов (для них е-value ниже 0,005) и следовательно вероятность найти аминокислотную последовательность, идентичную IF1A_PYRAB, уменьшается.

На главную страницу второго семестра