Используя данный график, было произведено предсказание трансмембранных сегментов; это предсказание было сопоставлено с предсказанием программы TMHMM, а также с данными ресурса OPM о топологии прототипа заданного белка — MIP_SHEEP (аминокислотные координаты по обоим белкам совпадают). Последовательности найдены в базе данных Swiss-Prot по ID. Вес выравнивания, полученного с помощью программы needle — 1284, процент идентичности последовательностей — 94.7 (что неплохо).
Помимо этого, в соответствии с правилом фон Хейне, гласящем, что немембранные участки белка,
лежащие в цитоплазме, содержат больше положительно заряженных остатков (K и R), чем те, что лежат на внешней стороне мембраны,
были предсказаны внешние и внутренние петли. Это предсказание было сделано с помощью программы TMHMM, а
также после анализа координат трансмембранных сегментов, содержащихся в базе данных OPM. Результаты работы
представлены в виде двух новых последовательностей, присоединённых к выравниванию белков MIP_CAVPO и MIP_SHEEP;
их названия — TMHMM и OPM. Трансмембранные спирали обозначены буквами H,
участки белка, находящиеся на внутренней стороне мембраны — буквой I, а участки с внешней стороны — буквой O.
Выравнивания находятся в файле marking.msf.
Данный график показывает вероятности принадлежности аминокислотного остатка к одной из категорий ( красные столбцы
- принадлежность к трансмембранному участку, синяя линия - внутриклеточному, малиновая линия - внеклеточный участок
).Это позволяет знать вероятность пропустить трансмембранный фрагмент.
| По профилю гидрофобности | TMHMM | ||
| Всего предсказано остатков в спиралях(N) | 114 | 138 | |
| Из них | |||
| А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны | 109 | 121 | |
| В. Из них — "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей (по данным PDB-структуры) | 5 | 17 | |
| С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям | 1 | 1 | |
| D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. | 47 | 30 | |
| Точность предсказания, A/N | 0.96 | 0.88 | |
| Сверхпредсказание, C/N | 0.009 | 0.007 | |
| Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности (263 а.о.) | 0.32 | 0.24 | |
|
При определении остатков, "торчащих" из мембраны на концах спиралей был использован PDB-файл
структуры белка-прототипа — 1sor.pdb и WebMol на сайте ОРМ. "Торчащие" концы определялись следующим образом: определялись остатки, по данным OPM выходящие из мембраны, но предсказанные соответствующим методом, и относятся ли они к спиралям по pdb.
Согласно таблице, оба метода (определение трансмембранных участков вручную и с помощью программы TMHMM) дают погрешность. Как ни странно, но, судя по таблице, метод "почти вручную" в данном случае оказался чуть получше. Оба метода предсказали одинаковое число трансмембранных сегментов, которые более-менее прекрывались по остаткам. В сумме TMHMM было предсказано больше остатков в спиралях. При методе "вручную" только один пик дотянул до отметки 1.8, но при этом он не оказался ближе к данным PDB-структуры или OPM. При этом очень большим оказался процент недопредсказания: оба метода не нашли участки 69-78 и 185-194 по OPM.
© Снегирёв Александр, 2006 |
